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万見
- PDB-3a98: Crystal structure of the complex of the interacting regions of DO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a98
タイトルCrystal structure of the complex of the interacting regions of DOCK2 and ELMO1
要素
  • Dedicator of cytokinesis protein 2
  • Engulfment and cell motility protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-protein complex / DOCK2 / ELMO1 / SH3 domain / PH domain / helix bundle / proline-rich sequence / Cytoskeleton / Guanine-nucleotide releasing factor / Membrane / Phosphoprotein / Apoptosis / Cell membrane / Phagocytosis / SH3-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane raft polarization / alpha-beta T cell proliferation / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / establishment of T cell polarity / macropinocytosis / immunological synapse formation / negative thymic T cell selection / guanyl-nucleotide exchange factor complex / myoblast fusion / positive thymic T cell selection ...membrane raft polarization / alpha-beta T cell proliferation / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / establishment of T cell polarity / macropinocytosis / immunological synapse formation / negative thymic T cell selection / guanyl-nucleotide exchange factor complex / myoblast fusion / positive thymic T cell selection / Nef and signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / T cell receptor binding / positive regulation of phagocytosis / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / cell motility / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / small GTPase binding / specific granule lumen / chemotaxis / cell migration / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dedicator of cytokinesis N-terminal subdomain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #90 / Dedicator of cytokinesis protein 2 / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / DOCK N-terminus / ELMO domain / : / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. ...Dedicator of cytokinesis N-terminal subdomain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #90 / Dedicator of cytokinesis protein 2 / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / DOCK N-terminus / ELMO domain / : / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO, armadillo-like helical domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B / DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe A / C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / Pleckstrin homology domain / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / SH3 Domains / PH-domain like / C2 domain superfamily / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-like helical / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Engulfment and cell motility protein 1 / Dedicator of cytokinesis protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hanawa-Suetsugu, K. / Kukimoto-Niino, M. / Sekine, S. / Ito, T. / Mishima-Tsumagari, C. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Fukui, Y. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for mutual relief of the Rac guanine nucleotide exchange factor DOCK2 and its partner ELMO1 from their autoinhibited forms.
著者: Hanawa-Suetsugu, K. / Kukimoto-Niino, M. / Mishima-Tsumagari, C. / Akasaka, R. / Ohsawa, N. / Sekine, S. / Ito, T. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / ...著者: Hanawa-Suetsugu, K. / Kukimoto-Niino, M. / Mishima-Tsumagari, C. / Akasaka, R. / Ohsawa, N. / Sekine, S. / Ito, T. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Nishikimi, A. / Uruno, T. / Katakai, T. / Kinashi, T. / Kohda, D. / Fukui, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dedicator of cytokinesis protein 2
B: Engulfment and cell motility protein 1
C: Dedicator of cytokinesis protein 2
D: Engulfment and cell motility protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6224
ポリマ－89,6224
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Dedicator of cytokinesis protein 2
B: Engulfment and cell motility protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8112
ポリマ－44,8112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
2
C: Dedicator of cytokinesis protein 2
D: Engulfment and cell motility protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8112
ポリマ－44,8112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.837, 104.028, 124.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dedicator of cytokinesis protein 2 / DOCK2


分子量: 21402.713 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domains, SH3 domain, residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOCK2, KIAA0209 / プラスミド: PX080711-01 / 発現宿主: Cell free protein synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q92608
#2: タンパク質 Engulfment and cell motility protein 1 / ELMO1 / CED-12 homolog


分子量: 23408.178 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domains, PH domain, residues 532-727 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELMO1, KIAA0281 / プラスミド: PX080910-01 / 発現宿主: Cell free protein synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q92556
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M di-ammonium hydrogen citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 49140 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.785 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoSHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1994021.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2455 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 48976 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.6634 Å2 / ksol: 0.378733 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.54 Å20 Å20 Å2
2---2.12 Å20 Å2
3----6.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5417 0 0 133 5550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 375 4.8 %
Rwork0.256 7485 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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