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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a7k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of halorhodopsin from Natronomonas pharaonis | ||||||
要素 | Halorhodopsin | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Light-driven chloride ion pump / Trimeric Bacterioruberin-Protein Complex / Retinal Protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kouyama, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal Structure of the Light-Driven Chloride Pump Halorhodopsin from Natronomonas pharaonis. 著者: Kouyama, T. / Kanada, S. / Takeguchi, Y. / Narusawa, A. / Murakami, M. / Ihara, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a7k.cif.gz | 183.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a7k.ent.gz | 141.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a7k_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a7k_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3a7k_validation.xml.gz | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a7k_validation.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 30975.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN MK-1 WAS A HALORHODOPSIN-OVERPRODUCING MUTANT GENERATED FROM TYPE STRAIN D2160T. 由来: (天然) Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌) 参照: UniProt: Q3ITX1 |
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-非ポリマー , 7種, 174分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-L2P / #6: 化合物 | ChemComp-L3P / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: A DROP CONTAINING 1MG/ML PROTEIN, 1M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, 0.04% NAN2, 5MG/ML NONYL GLUCOSIDE WAS CONCENTRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST A RESERVE SOLUTION CONTAINING ...詳細: A DROP CONTAINING 1MG/ML PROTEIN, 1M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, 0.04% NAN2, 5MG/ML NONYL GLUCOSIDE WAS CONCENTRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST A RESERVE SOLUTION CONTAINING 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, PH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→60.1 Å / Num. obs: 79092 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1e12 解像度: 2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 109.866 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.222 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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Xplor file |
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