[日本語] English
万見
- PDB-3a7k: Crystal structure of halorhodopsin from Natronomonas pharaonis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7k
タイトルCrystal structure of halorhodopsin from Natronomonas pharaonis
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Light-driven chloride ion pump / Trimeric Bacterioruberin-Protein Complex / Retinal Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / 3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / Chem-L3P / RETINAL / :
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kouyama, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Light-Driven Chloride Pump Halorhodopsin from Natronomonas pharaonis.
著者: Kouyama, T. / Kanada, S. / Takeguchi, Y. / Narusawa, A. / Murakami, M. / Ihara, K.
履歴
登録2009年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,30033
ポリマ－92,9253
非ポリマー17,37430
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.830, 99.770, 99.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: STRAIN MK-1 WAS A HALORHODOPSIN-OVERPRODUCING MUTANT GENERATED FROM TYPE STRAIN D2160T.
由来: (天然) Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
参照: UniProt: Q3ITX1

-
非ポリマー , 7種, 174分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 化合物 ChemComp-L1P / 3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / りん酸(2S)-2,3-ビス[[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]オキシ]プロピル


分子量: 733.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H89O6P
#5: 化合物
ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 化合物
ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: A DROP CONTAINING 1MG/ML PROTEIN, 1M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, 0.04% NAN2, 5MG/ML NONYL GLUCOSIDE WAS CONCENTRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST A RESERVE SOLUTION CONTAINING ...詳細: A DROP CONTAINING 1MG/ML PROTEIN, 1M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, 0.04% NAN2, 5MG/ML NONYL GLUCOSIDE WAS CONCENTRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST A RESERVE SOLUTION CONTAINING 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.16M NACL, 0.04M TRIS-HCL, PH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60.1 Å / Num. obs: 79092 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1e12

1e12


解像度: 2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 3975 -RANDOM
Rwork0.249 ---
all-78925 --
obs-78528 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 109.866 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.094 Å20 Å2-12.748 Å2
2--2.659 Å20 Å2
3----4.754 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5868 0 666 144 6678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7172
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3942.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDTotal num. of bins used
2-2.070.36753850.348X-RAY DIFFRACTION6
2.07-2.150.33953880.3168X-RAY DIFFRACTION6
2.15-2.250.32714200.2908X-RAY DIFFRACTION6
2.25-2.370.29613870.2735X-RAY DIFFRACTION6
2.37-2.520.31974100.2732X-RAY DIFFRACTION6
2.52-2.710.28324010.251X-RAY DIFFRACTION6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ret.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る