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万見
- PDB-3a79: Crystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a79
タイトルCrystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex
要素
  • (Toll-like receptor ...Toll様受容体) x 2
  • Pam2CSK4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Toll-like Receptor (Toll様受容体) / diacyl lipopeptide / innate immunity (自然免疫系) / Leucine Rich Repeat (ロイシンリッチリピート) / Cell membrane (細胞膜) / Cytoplasmic vesicle / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Inflammatory response (炎症) / LEUCINE-RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / Membrane (生体膜) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 6 signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032720 / interleukin-1 beta production / : / response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide ...toll-like receptor 6 signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032720 / interleukin-1 beta production / : / response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / positive regulation of neutrophil migration / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / Regulation of TLR by endogenous ligand / lipoteichoic acid binding / negative regulation of synapse assembly / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / response to molecule of fungal origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / response to peptidoglycan / Toll-like receptor 2 binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of xenophagy / central nervous system myelin formation / xenophagy / Toll-like receptor binding / positive regulation of interleukin-18 production / neutrophil migration / leukotriene metabolic process / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of actin filament polymerization / negative regulation of interleukin-8 production / response to fatty acid / cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / lipopeptide binding / cellular response to peptidoglycan / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / negative regulation of interleukin-12 production / peptidoglycan binding / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of macrophage activation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / microglia development / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of leukocyte migration / pattern recognition receptor activity / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Toll様受容体 / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / nitric oxide metabolic process / leukocyte migration / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of presynapse assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of JUN kinase activity / nitric oxide biosynthetic process / ERK1 and ERK2 cascade / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / 軸索誘導 / 学習 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / cell projection / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / response to bacterium / microglial cell activation / defense response / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 6 / Slitrk family / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll様受容体 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Toll-like receptor 6 / Slitrk family / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll様受容体 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate / Variable lymphocyte receptor B / Variable lymphocyte receptor B / Toll-like receptor 6 / Toll-like receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kang, J.Y. / Jin, M.S. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: Recognition of lipopeptide patterns by Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 heterodimer
著者: Kang, J.Y. / Nan, X. / Jin, M.S. / Youn, S.-J. / Ryu, Y.H. / Mah, S. / Han, S.H. / Lee, H. / Paik, S.-G. / Lee, J.-O.
履歴
登録2009年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 6, Variable lymphocyte receptor B
C: Pam2CSK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,73815
ポリマ－130,0463
非ポリマー4,69212
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.901, 168.901, 231.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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Toll-like receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B / Toll様受容体 / TLR2 / VLRB.61


分子量: 65535.309 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr2 / プラスミド: PVL1393 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9QUN7, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Toll-like receptor 6, Variable lymphocyte receptor B / Toll様受容体 / TLR6 / VLRB.59


分子量: 63785.551 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain, UNP residues 1-482(mouse), UNP residues 157-232(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr6 / プラスミド: PVL1393 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9EPW9, UniProt: Q4G1L3

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Pam2CSK4


分子量: 724.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: 化合物 ChemComp-PXS / (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate


分子量: 552.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O4

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糖 , 3種, 11分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 43746 / Num. obs: 43573 / % possible obs: 99.67 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.99 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.27
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 3448 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2Z81, 2Z7X, 2O6R

2z81

2z7x

2o6r


解像度: 2.9→34.11 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.799 / SU ML: 2.75 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 4429 10.16 %
Rwork0.208 --
obs0.215 43573 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.282 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 445.89 Å2 / Biso mean: 88.661 Å2 / Biso min: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.214 Å20 Å2-0 Å2
2---1.214 Å20 Å2
3----28.384 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8596 0 310 0 8906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25112385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8583482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.9-2.9330.4121320.34128014121280100
2.933-2.9670.3981510.301128514361285100
2.967-3.0040.3541440.304128114251281100
3.004-3.0420.3771420.284127814201278100
3.042-3.0820.3331590.27128014391280100
3.082-3.1240.3161540.249127714311277100
3.124-3.1680.3371490.246125914081259100
3.168-3.2160.3311460.243129014361290100
3.216-3.2660.3171420.229129414361294100
3.266-3.3190.3191440.228128014241280100
3.319-3.3770.3191450.22130114461301100
3.377-3.4380.2851500.211128814381288100
3.438-3.5040.2981220.198130614281306100
3.504-3.5750.2841460.196130614521306100
3.575-3.6530.2521430.185129014331290100
3.653-3.7380.2541380.166130414421304100
3.738-3.8310.2381590.172128114401281100
3.831-3.9350.2341470.169130014471300100
3.935-4.050.2481620.17127914411279100
4.05-4.1810.2221450.16512961441129699
4.181-4.330.2481450.152131014551310100
4.33-4.5030.1981430.14512991442129999
4.503-4.7070.211470.143132014671320100
4.707-4.9550.2061550.135130414591304100
4.955-5.2640.2411430.161133814811338100
5.264-5.6690.2481490.171132714761327100
5.669-6.2360.2971590.198133614951336100
6.236-7.1320.2531440.204135615001356100
7.132-8.9580.3061670.214136515321365100
8.958-34.1110.2761570.24514341591143497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2887-0.84010.98570.7151-0.12511.34470.20790.09340.0862-0.1321-0.0438-0.06040.27340.0322-0.14290.33030.0646-0.15180.1446-0.04880.372814.6701-35.826915.2995
21.8496-0.3520.10941.12340.02071.3299-0.0058-0.24480.1595-0.0351-0.05320.0233-0.27790.26880.05090.3214-0.0689-0.07210.3344-0.07610.279855.8446-34.550635.5039
30.6819-0.0475-0.64330.7414-0.0021-0.32020.0239-0.44670.1462-0.08660.09060.2312-0.01860.0657-0.01240.69760.0681-0.42550.6385-0.11030.619521.0865-41.919342.8576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA26 - 575
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB33 - 557
3X-RAY DIFFRACTION3chain CA - C10 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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