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- PDB-3a43: Crystal structure of HypA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a43
タイトルCrystal structure of HypA
要素Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / [NiFe] hydrogenase maturation / zinc-finger / nickel binding / Metal-binding / Nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / protein maturation / protein modification process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / 2-Layer Sandwich ...hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogenase maturation factor HypA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus kodakaraensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Watanabe, S. / Arai, T. / Matsumi, R. / Aromi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of HypA, a nickel-binding metallochaperone for [NiFe] hydrogenase maturation.
著者: Watanabe, S. / Arai, T. / Matsumi, R. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月1日Group: Database references / Other
改定 1.32016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6114
ポリマ－31,4802
非ポリマー1312
水2,252125
1
A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8052
ポリマ－15,7401
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8052
ポリマ－15,7401
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子

A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子

A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,83212
ポリマ－94,4406
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area11290 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area38600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.933, 83.933, 365.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-208-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase nickel incorporation protein hypA / HypD


分子量: 15739.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus kodakaraensis (古細菌) / 株: KOD1 / 遺伝子: hypA / プラスミド: pET21(+)a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codonplus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5JIH3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M HEPES-Na, pH7.4, 1.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月22日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21391 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1563 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2780349.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1104 5.2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 21362 94.6 %-
all-22628 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.6575 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.41 Å20 Å20 Å2
2--12.41 Å20 Å2
3----24.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 2 125 2110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 128 4.8 %
Rwork0.299 2527 -
obs--72 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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