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- PDB-3a44: Crystal structure of HypA in the dimeric form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a44
タイトルCrystal structure of HypA in the dimeric form
要素Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / [NiFe] hydrogenase maturation / zinc-finger / nickel binding / domain swapping / Metal-binding / Nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / protein maturation / protein modification process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #120 / hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Rhinovirus 14, subunit 4 / Few Secondary Structures / Irregular ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #120 / hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Rhinovirus 14, subunit 4 / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogenase maturation factor HypA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus kodakaraensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Watanabe, S. / Arai, T. / Matsumi, R. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of HypA, a nickel-binding metallochaperone for [NiFe] hydrogenase maturation.
著者: Watanabe, S. / Arai, T. / Matsumi, R. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32019年12月11日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
C: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
D: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2228
ポリマ－62,9604
非ポリマー2624
水00
1
A: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
B: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6114
ポリマ－31,4802
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
2
C: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
D: Hydrogenase nickel incorporation protein hypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6114
ポリマ－31,4802
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.830, 97.975, 136.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hydrogenase nickel incorporation protein hypA / HypA


分子量: 15739.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus kodakaraensis (古細菌) / 株: KOD1 / 遺伝子: hypA / プラスミド: pET21(+)a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codonplus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5JIH3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 24% PEG8000, 22% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 11039 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 741 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A43

3a43


解像度: 3.31→49.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1639961.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.337 539 4.9 %RANDOM
Rwork0.292 ---
obs0.292 10976 92.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.3798 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--46.8 Å20 Å2
3----46.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.58 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3848 0 4 0 3852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 58 4.9 %
Rwork0.42 1135 -
obs--61 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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