登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a11 |
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タイトル | Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Thermococcus kodakaraensis KOD1 |
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要素 | Translation initiation factor eIF-2B, delta subunit |
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キーワード | ISOMERASE / HEXAMER / ROSSMANN FOLD / Initiation factor |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
ribose-1,5-bisphosphate isomerase / ribose 1,5-bisphosphate isomerase activity / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / pentose catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine類似検索 - 分子機能 Ribose-1,5-bisphosphate isomerase, e2b2 family / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Ribose-1,5-bisphosphate isomerase, e2b2 family / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ribose 1,5-bisphosphate isomerase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Thermococcus kodakaraensis (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å |
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データ登録者 | Nakamura, A. / Fujihashi, M. / Nishiba, Y. / Yoshida, S. / Yano, A. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Dynamic, ligand-dependent conformational change triggers reaction of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Thermococcus kodakarensis KOD1 著者: Nakamura, A. / Fujihashi, M. / Aono, R. / Sato, T. / Nishiba, Y. / Yoshida, S. / Yano, A. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K. |
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履歴 | 登録 | 2009年3月25日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2010年3月31日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2012年5月2日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2013年6月12日 | Group: Database references |
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改定 1.4 | 2024年3月13日 | Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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