[日本語] English
万見
- PDB-3a0o: Crystal structure of alginate lyase from Agrobacterium tumefaciens C58 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a0o
タイトルCrystal structure of alginate lyase from Agrobacterium tumefaciens C58
要素Oligo alginate lyase
キーワードLYASE / ALPHA/ALPHA BALLEL+ANTI-PARALLEL BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Oligosaccharide lyase / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase ...Oligosaccharide lyase / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligo alginate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Ochiai, A. / Yamasaki, M. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of exotype alginate lyase Atu3025 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Ochiai, A. / Yamasaki, M. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oligo alginate lyase
B: Oligo alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,0154
ポリマ－175,9442
非ポリマー712
水19,2221067
1
A: Oligo alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0072
ポリマ－87,9721
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oligo alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0072
ポリマ－87,9721
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.153, 68.240, 108.895
Angle α, β, γ (deg.)78.32, 89.29, 88.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体 Oligo alginate lyase / exotype alginate lyase


分子量: 87971.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: Atu3025 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: UniProt: A9CEJ9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% PEG 4000, 0.16M magnesium chloride, 0.08M TRIS, 20% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL38B111
シンクロトロンSPring-8 BL38B120.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU JUPITER 2101CCD2008年2月20日mirror
RIGAKU JUPITER 2102CCD2005年11月6日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 104273 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.11→40.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.549 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22307 5044 5 %RANDOM
Rwork0.18096 ---
obs0.18306 95821 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.714 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å21.32 Å20.09 Å2
2--0.69 Å2-0.04 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→40.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12259 0 2 1067 13328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02112811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0351.92817494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65351555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4823.066662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.763151908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.50215103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.25920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.28697
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.57924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.833212419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14935723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7684.55075
LS精密化 シェル解像度: 2.106→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 360 -
Rwork0.218 6080 -
obs--83.56 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る