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- PDB-3a03: Crystal structure of Hox11L1 homeodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a03
タイトルCrystal structure of Hox11L1 homeodomain
要素T-cell leukemia homeobox protein 2
キーワードGENE REGULATION / HOMEODOMAIN / Developmental protein / DNA-binding / Homeobox / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendrite morphogenesis / animal organ development / enteric nervous system development / mesoderm formation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...negative regulation of dendrite morphogenesis / animal organ development / enteric nervous system development / mesoderm formation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell leukemia homeobox protein 1/2/3 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...T-cell leukemia homeobox protein 1/2/3 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell leukemia homeobox protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell leukemia homeobox protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0474
ポリマ－6,8321
非ポリマー2153
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: T-cell leukemia homeobox protein 2
ヘテロ分子

A: T-cell leukemia homeobox protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0948
ポリマ－13,6642
非ポリマー4306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.060, 33.170, 34.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 T-cell leukemia homeobox protein 2 / Homeobox protein Hox-11L1 / Neural corest homeobox protein


分子量: 6831.938 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox, residues 162-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLX2, HOX11L1, NCX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43763
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.54→20 Å / Num. obs: 11716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22282 567 4.8 %RANDOM
Rwork0.19982 ---
obs0.2009 11148 96.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.1 Å2 / Biso mean: 26.966 Å2 / Biso min: 8.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数459 0 11 106 576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.946631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.488552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.3062026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.0041592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1861510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3660.262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8231.5265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5662422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4783218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0414.5209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.536→1.576 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 31 -
Rwork0.33 543 -
all-605 -
obs--65.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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