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- PDB-387d: RNA Pseudoknot with 3D Domain Swapping -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 387d
タイトルRNA Pseudoknot with 3D Domain Swapping
要素RNA Pseudoknot
キーワードRNA / RNA PSEUDOKNOT
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lietzke, S.E. / Kundrot, C.E. / Barnes, C.L.
引用
ジャーナル: Structure, Motion, Interaction and Expression of Biological Macromolecules, The Proceedings of the Tenth Conversation held at The University-SUNY, Albany NY, June 17-21, 1997
年: 1998
タイトル: The Structure of an RNA Pseudoknot Shows 3D Domain Swapping
著者: Lietzke, S.E. / Barnes, C.L. / Malone, V.F. / Jones, J.T. / Kundrot, C.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Preliminary X-ray Diffraction Studies of an RNA Pseudoknot that Inhibits HIV-1 Reverse Transcriptase
著者: Jones, J.T. / Barnes, C.L. / Lietzke, S.E. / Wieichenrieder, O. / Doudna, J.A. / Kundrot, C.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Comprehensive chemical modification interference and nucleotide substitution analysis of an RNA pseudoknot inhibitor to HIV-1 reverse transcriptase
著者: Green, L. / Waugh, S. / Brinkley, J.P. / Hostomska, Z. / Tuerk, C.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: RNA pseudoknots that inhibit human immunodeficiency
著者: Tuerk, C. / MacDougal, S. / Gould, L.
履歴
登録1998年4月14日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA Pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3901
ポリマ－8,3901
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 61.600, 98.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322

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要素

#1: RNA鎖 RNA Pseudoknot


分子量: 8390.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 26-mer / キーワード: RNA
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12MGCL21311
25SODIUM CACODYLATE1614
38SODIUM ACETATE1917
411SODIUM CACODYLATE112210
514SODIUM ACETATE115213

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 3615 / Num. obs: 3615 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 254 7.3 %
Rwork0.181 --
obs0.1811 3467 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 639 0 18 657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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