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- PDB-2l16: Solution structure of Bacillus subtilits TatAd protein in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l16
タイトルSolution structure of Bacillus subtilits TatAd protein in DPC micelles
要素Sec-independent protein translocase protein tatAd
キーワードPROTEIN TRANSPORT / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


TAT protein transport complex / protein transport by the Tat complex / protein transmembrane transporter activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3310 / Sec-independent protein translocase protein TatA/B/E / Sec-independent protein translocase protein TatA/E / mttA/Hcf106 family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sec-independent protein translocase protein TatAd
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Hu, Y. / Jin, C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Solution NMR structure of the TatA component of the twin-arginine protein transport system from gram-positive bacterium Bacillus subtilis
著者: Hu, Y. / Zhao, E. / Li, H. / Xia, B. / Jin, C.
履歴
登録2010年7月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sec-independent protein translocase protein tatAd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5111
ポリマ－8,5111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 200structures with lowest energy as well as good correlation with RDC data
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sec-independent protein translocase protein tatAd


分子量: 8510.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tatAd, yczB, BSU02630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31467

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1423D HNCA
1523D HNCO
1623D HN(CA)CB
1723D CBCA(CO)NH
1823D HBHA(CO)NH
1923D C(CO)NH
11023D H(CCO)NH
11123D (H)CCH-COSY
11223D (H)CCH-TOCSY
11323D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY
11523D HN(CA)CO
21632D 1H-15N IPAP
21742D 1H-15N IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-15N] TatAd-1, 90 % H2O-2, 10 % D2O-3, 0.01 % DSS-4, 50 mM sodium phosphate-5, 5 % DPC-6, 0.01 % sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] TatAd-8, 90 % H2O-9, 10 % D2O-10, 0.01 % DSS-11, 50 mM sodium phosphate-12, 5 % [U-2H] DPC-13, 0.01 % sodium azide-14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-15N] TatAd-15, 90 % H2O-16, 10 % D2O-17, 100 mM potassium phosphate-18, 5 % DPC-19, 0.01 % sodium azide-20, 9.0 mg in up to 500 ul G-tetra DNA-21, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-15N] TatAd-22, 90 % H2O-23, 10 % D2O-24, 100 mM potassium phosphate-25, 5 % DPC-26, 0.01 % sodium azide-27, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTatAd-1[U-15N]1
90 %H2O-21
10 %D2O-31
0.01 %DSS-41
50 mMsodium phosphate-51
5 %DPC-61
0.01 %sodium azide-71
1 mMTatAd-8[U-13C; U-15N]2
90 %H2O-92
10 %D2O-102
0.01 %DSS-112
50 mMsodium phosphate-122
5 %DPC-13[U-2H]2
0.01 %sodium azide-142
1 mMTatAd-15[U-15N]3
90 %H2O-163
10 %D2O-173
100 mMpotassium phosphate-183
5 %DPC-193
0.01 %sodium azide-203
18 mg/mLG-tetra DNA-213
1 mMTatAd-22[U-15N]4
90 %H2O-234
10 %D2O-244
100 mMpotassium phosphate-254
5 %DPC-264
0.01 %sodium azide-274
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.37ambient 298 K
20.67ambient 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy as well as good correlation with RDC data
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 40 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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