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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 366d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 1.3 A STRUCTURE DETERMINATION OF THE D(CG(5-BRU)ACG)2/6-BROMO-9-AMINO-DACA COMPLEX | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / DRUG INTERCALATION / MAJOR GROOVE BINDING | 機能・相同性 | Chem-DA6 / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Todd, A.K. / Adams, A. / Thorpe, J.H. / Denny, W.A. / Cardin, C.J. | ![]() ![]() タイトル: Major groove binding and 'DNA-induced' fit in the intercalation of a derivative of the mixed topoisomerase I/II poison N-(2-(dimethylamino)ethyl)acridine-4-carboxamide (DACA) into DNA: ...タイトル: Major groove binding and 'DNA-induced' fit in the intercalation of a derivative of the mixed topoisomerase I/II poison N-(2-(dimethylamino)ethyl)acridine-4-carboxamide (DACA) into DNA: X-ray structure complexed to d(CG(5-BrU)ACG)2 at 1.3-A resolution. 著者: Todd, A.K. / Adams, A. / Thorpe, J.H. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. / Cardin, C.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 967 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 978 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1874.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: COMPLEXED WITH 6-BROMO-9-AMINO-N-ETHYL(DIAMINOMETHYL)ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→8 Å / Num. obs: 9362 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9306 / Num. measured all: 31514 / Rmerge(I) obs: 0.0675 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.4 Å / % possible obs: 37 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.3→8 Å / Num. parameters: 3275 / Num. restraintsaints: 8013 /
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 401.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.1468 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |