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万見
- PDB-357d: 3.5 A structure of fragment I from E. coli 5S RRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 357d
タイトル3.5 A structure of fragment I from E. coli 5S RRNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*UP*AP*GP*G P*GP*AP*AP*CP*UP* GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*G*UP*C)-3')
  • RNA-DNA (5'-R(*UP*GP*DCP)-D(*CP(S)*)-R(*UP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
キーワードRNA / U-RNA / DOUBLE HELIX / KINKED / INTERNAL LOOP / OVERHANGING BASE / MODIFIED / MISMATCHED
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASES FROM A BROMINE WERE COMBINED WITH MAD, SIRAS PHASES FROM A MERCURY DERIVIATIVE. MLPHARE WAS USED TO CALCULATE THE PHASES WHILE SIGMAA WAS USED TO COMBINE THE THREE PHASES SETS. / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Metals, motifs, and recognition in the crystal structure of a 5S rRNA domain.
著者: Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1997
タイトル: Use of Chemically Modified Nucleotides to Determine a 62-Nucleotide RNA Crystal Structure: A Survey of Phosphorothioates, Br, Pt, and Hg
著者: Correll, C.C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Solution Structure of the Loop E/Loop D Region of E. Coli 5S rRNA
著者: Dallas, A. / Moore, P.B.
履歴
登録1997年10月9日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DNA (5'-R(*UP*GP*DCP)-D(*CP(S)*)-R(*UP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*G*UP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*UP*AP*GP*G P*GP*AP*AP*CP*UP* GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,08812
ポリマ－19,6933
非ポリマー3959
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-93.5 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.670, 58.670, 248.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 RNA-DNA (5'-R(*UP*GP*DCP)-D(*CP(S)*)-R(*UP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3514.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*G*UP*C)-3')


分子量: 6166.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PKK5-1 RRNB 5S CISTRON / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*UP*AP*GP*G P*GP*AP*AP*CP*UP* GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*U)-3')


分子量: 10012.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PKK5-1 RRNB 5S CISTRON / Organelle (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MGCL211
3NA MES11
4MG SULFATE11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 mMprotein1drop
25 mM1dropMgCl2
350 mMsodium cacodylate1drop
45-25 %MPD1reservoir
55-25 mM1reservoirMgCl2
65-25 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月30日 / 詳細: SILICON 111 BENDING MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 6037 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 3602 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 29667
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 3.62 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
X-PLOR/CNSモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
X-PLOR位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: MAD PHASES FROM A BROMINE WERE COMBINED WITH MAD, SIRAS PHASES FROM A MERCURY DERIVIATIVE. MLPHARE WAS USED TO CALCULATE THE PHASES WHILE SIGMAA WAS USED TO COMBINE THE THREE PHASES SETS.
解像度: 3.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 18352194.5 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TARGET FOR REFINEMENT WAS MLHL: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES AND PHASE PROBABILITY DISTRIBUTION FROM THE COMBINED PHASES DESCRIBED BELOW.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 372 11 %RANDOM
Rwork0.312 ---
obs0.312 3374 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 98.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.05 Å232.87 Å20 Å2
2--6.05 Å20 Å2
3----12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.54 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1294 9 0 1303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.63
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.642.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 67 13.2 %
Rwork0.354 442 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MG.PARAMMG.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PATCH.PARPATCH.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 11 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 98.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg29.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.982
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.642.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / % reflection Rfree: 13.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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