PDB-309d: A DNA DECAMER WITH A STICKY END: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D-CGACGATCGT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 309d

タイトル

A DNA DECAMER WITH A STICKY END: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D-CGACGATCGT

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES / CONTINUOUS HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Qiu, H.X. / Dewan, J.C. / Seeman, N.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: A DNA decamer with a sticky end: the crystal structure of d-CGACGATCGT.
著者: Qiu, H. / Dewan, J.C. / Seeman, N.C.

履歴

登録	1997年1月7日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1997年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	1997年2月12日	ID: 273D
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月14日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn / exptl_crystal_grow Item: _diffrn.ambient_temp / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	309d.cif.gz	20 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb309d.ent.gz	12.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	309d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/309d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/309d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bd1-1 1ax6-d 1nem-d 6dg6-6 6r14-d 2neo-d 3vfz-2 237d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*T)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*T)-3')

6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.450, 34.660, 32.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPAPCPGPAPTPCPGPT)-3') 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MG ACETATE	1	1
4	SPERMINE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	1 mM	DNA	1	drop
2	30 mM	magnesium acetate	1	drop
3	1 M	spermine	1	drop
4	10 %(v/v)	MPD	1	drop
5	15 %	MPD	1	reservoir
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 1768 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.6→3.6 Å / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.214	1421

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	404	0	68	472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.01	0.02
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d	0.023	0.03
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.023	0.03
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d	0.031	0.04
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr	0.01	0.02
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr	0.09	0.1
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd	0.075	0.1
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd	0.09	0.1
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

ソフトウェア

*PLUS

名称: NUCLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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