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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 309d | |||||||||||||||||||||
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タイトル | A DNA DECAMER WITH A STICKY END: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D-CGACGATCGT | |||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES / CONTINUOUS HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | データ登録者 | Qiu, H.X. / Dewan, J.C. / Seeman, N.C. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 | タイトル: A DNA decamer with a sticky end: the crystal structure of d-CGACGATCGT. 著者: Qiu, H. / Dewan, J.C. / Seeman, N.C. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 309d.cif.gz | 20 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb309d.ent.gz | 12.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 309d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 309d_validation.pdf.gz | 322.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 309d_full_validation.pdf.gz | 323 KB | 表示 | |
XML形式データ | 309d_validation.xml.gz | 1.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 309d_validation.cif.gz | 2.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/309d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/309d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 153 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 1768 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→3.6 Å / % possible all: 75 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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