PDB-237d: CRYSTAL STRUCTURE OF A DNA DECAMER SHOWING A NOVEL PSEUDO FOUR-WA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 237d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A DNA DECAMER SHOWING A NOVEL PSEUDO FOUR-WAY HELIX-HELIX JUNCTION

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / FLIPPED-OUT BASES / INTERMOLECULAR BASE TRIPLET

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Spink, N. / Nunn, C.M. / Vojtechovsky, J. / Berman, H.M. / Neidle, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a DNA decamer showing a novel pseudo four-way helix-helix junction.
著者: Spink, N. / Nunn, C.M. / Vojtechovsky, J. / Berman, H.M. / Neidle, S.

履歴

登録	1995年9月28日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	237d.cif.gz	14.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb237d.ent.gz	8.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	237d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/37/237d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/37/237d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s23-1 3ggk-1 1bd1-1 1g3v-1 1zf7-d 3ggi-1 3u89-1 2ll9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3')

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3')

登録者が定義した集合体
6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.010, 39.260, 54.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPAPAPTPTPGPCPG)-3') 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1
4	NA CACODYLATE	1	1
5	BERENIL	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 287 K / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
2	2.0 M		1	drop	0.001ml	MgCl2
3	49 %	MPD	1	drop	0.003ml
4	3 mM	decamer	1	drop	0.004ml
5	15 mM	minor-groove-binding drug berenil	1	drop	0.002ml
6	50 %	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 10180 / Num. obs: 1521
反射	PLUS Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs*: 0.102

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.212	-	-
obs	0.212	957	94 %

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	0	48	250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	2.3
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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