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- PDB-2zzk: Crystal structure of tRNA wybutosine synthesizing enzyme TYW4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzk
タイトルCrystal structure of tRNA wybutosine synthesizing enzyme TYW4
要素Leucine carboxyl methyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / tRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAPhe [7-(3-amino-3-carboxypropyl)wyosine37-O]-methyltransferase / tRNAPhe {7-[3-amino-3-(methoxycarbonyl)propyl]wyosine37-N}-methoxycarbonyltransferase / wybutosine biosynthetic process / tRNA methyltransferase activity / tRNA modification / tRNA methylation / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase Ppm1/Ppm2/Tcmp / Leucine carboxyl methyltransferase / Galactose oxidase, central domain / Kelch-type beta propeller / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / 6 Propeller ...Methyltransferase Ppm1/Ppm2/Tcmp / Leucine carboxyl methyltransferase / Galactose oxidase, central domain / Kelch-type beta propeller / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / 6 Propeller / Neuraminidase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / tRNA wybutosine-synthesizing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Suzuki, Y. / Noma, A. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of tRNA modification with CO2 fixation and methylation by wybutosine synthesizing enzyme TYW4.
著者: Suzuki, Y. / Noma, A. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2009年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine carboxyl methyltransferase 2
B: Leucine carboxyl methyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,0647
ポリマ－158,1012
非ポリマー9635
水59433
1
A: Leucine carboxyl methyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6294
ポリマ－79,0511
非ポリマー5783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine carboxyl methyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4353
ポリマ－79,0511
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.834, 90.139, 251.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leucine carboxyl methyltransferase 2 / TYW4 / tRNA wybutosine-synthesizing protein 4


分子量: 79050.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PPM2, TYW4, YOL141W / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus
参照: UniProt: Q08282, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS CONSIDER THAT THIS DIFFERENCE MAY STEM FROM A POLYMORPHISM OF THE YEAST STRAIN OR SOME ...AUTHORS CONSIDER THAT THIS DIFFERENCE MAY STEM FROM A POLYMORPHISM OF THE YEAST STRAIN OR SOME ERROR OF THE YEAST GENOME PROJECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM ammonium citrate (pH 7) and 20 % (w/v) PEG3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 48148 / Num. obs: 48148 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1867 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.706→42.389 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 4815 10.05 %Random
Rwork0.2097 ---
all0.216 47919 --
obs0.216 47919 96.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.596 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-51.4613 Å20 Å20 Å2
2---13.5957 Å20 Å2
3----37.8656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→42.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10801 0 65 33 10899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82615000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6564091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7062-2.7370.39251310.2996108774
2.737-2.76920.36421170.2719115779
2.7692-2.80290.35941420.2826118581
2.8029-2.83840.35751270.2669125584
2.8384-2.87580.34781370.2886130389
2.8758-2.91520.33471640.2956137993
2.9152-2.95680.42521490.2923139396
2.9568-3.00090.34651890.2879145098
3.0009-3.04780.37011660.2739142999
3.0478-3.09770.37711680.25831477100
3.0977-3.15110.35791560.2646149399
3.1511-3.20840.29411420.26451466100
3.2084-3.27010.31711730.2538147199
3.2701-3.33680.31541510.23811508100
3.3368-3.40940.30561810.21891441100
3.4094-3.48860.24391550.21451492100
3.4886-3.57580.27111910.2118145299
3.5758-3.67250.31731560.21231474100
3.6725-3.78050.29861860.20941482100
3.7805-3.90240.2651550.1894147599
3.9024-4.04180.2621560.1783148899
4.0418-4.20350.20811740.16341488100
4.2035-4.39460.19111730.16161496100
4.3946-4.6260.20021580.1558151399
4.626-4.91540.23871730.15391491100
4.9154-5.29430.20781740.1641502100
5.2943-5.82590.2611540.16731520100
5.8259-6.66610.26011680.1941547100
6.6661-8.38790.24351600.19271563100
8.3879-42.39410.2481890.191162799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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