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万見
- PDB-2zz7: Orotidine Monophosphate Decarboxylase K72A mutant complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zz7
タイトルOrotidine Monophosphate Decarboxylase K72A mutant complexed with BMP (produced from 6-Iodo-UMP)
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / ODCase / OMPDC / OMPDCase / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
著者: Fujihashi, M. / Wei, L. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8464
ポリマ－27,3211
非ポリマー5243
水3,315184
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6918
ポリマ－54,6432
非ポリマー1,0496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area5430 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.933, 103.290, 73.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-451-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP DECARBOXYLASE / OMPDCASE / OMPDECASE


分子量: 27321.299 Da / 分子数: 1 / 変異: K72A,R226L,I227N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O10P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. ...ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. DEPOSITORS SEQUENCED THE GENOME FROM M. THERMOAUTOTROPHICUM AND CONFIRMD IT IS PRO.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.2-1.36M Sodium Citrate, 5% dioxiane, pH 6.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
PH範囲: 6.0-8.5

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月6日 / 詳細: default
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→200 Å / Num. obs: 30641 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: ODCase from M. thermoautotrophicum

解像度: 1.58→51.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.224 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1708 1518 5 %RANDOM
Rwork0.15155 ---
obs0.15251 28996 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→51.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 34 184 1844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9952558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4985247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42323.17685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17315323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8291521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0351.51217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53821917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7813725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4764.5641
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 90 -
Rwork0.156 2143 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7778 Å / Origin y: 40.3435 Å / Origin z: 29.5132 Å
111213212223313233
T-0.0043 Å20.0014 Å2-0.0109 Å2--0.0125 Å20.0006 Å2---0.0229 Å2
L0.3397 °2-0.0032 °20.0177 °2-0.5961 °2-0.1205 °2--0.2384 °2
S0.0079 Å °0.0286 Å °-0.0372 Å °-0.0905 Å °0.0124 Å °0.0185 Å °0.0515 Å °0.0087 Å °-0.0203 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A311 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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