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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zz1 | ||||||
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タイトル | Snapshot of the reaction from 6-CN-UMP to BMP catalyzed by Orotidine Monophosphate Deacarboxylase from M. thermoautotrophicum | ||||||
要素 | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE (ODCASE) / BARBITURIC ACID RIBOSYL 5'-MONOPHOSPHATE (BMP) / 6-CYANOUMP OMP decarboxylase / OMPDC / OMPDCASE / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Fujihashi, M. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase 著者: Fujihashi, M. / Wei, L. / Kotra, L.P. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zz1.cif.gz | 109 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zz1.ent.gz | 82.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27379.402 Da / 分子数: 2 / 変異: R226L,I227N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | BMP 301(302) AND 6CN 303(304) ARE IN ALTERNATE CONFORMATI | 配列の詳細 | ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. ...ACCORDING TO DEPOSITORS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 詳細: 1.2-1.36M Sodium Citrate, 5% dioxiane, pH 6.0-8.5, VAPOR DIFFUSION PH範囲: 6.0-8.5 |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月24日 / 詳細: default |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→100 Å / Num. obs: 60802 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1x1z 解像度: 1.57→51.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.465 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.243 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→51.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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