[日本語] English
万見
- PDB-2zye: Structure of HIV-1 Protease in Complex with Potent Inhibitor KNI-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zye
タイトルStructure of HIV-1 Protease in Complex with Potent Inhibitor KNI-272 Determined by Neutron Crystallography
要素protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / acid protease / homodimer / Hydrolase / Multifunctional enzyme / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...: / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
kynostatin 272 / DEUTERATED WATER / Chem-KNI / Gag-Pol polyprotein / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Adachi, M. / Ohhara, T. / Tamada, T. / Okazaki, N. / Kuroki, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
著者: Adachi, M. / Ohhara, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Honjo, E. / Okazaki, N. / Arai, S. / Shoyama, Y. / Kimura, K. / Matsumura, H. / Sugiyama, S. / Adachi, H. / Takano, K. / Mori, Y. / ...著者: Adachi, M. / Ohhara, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Honjo, E. / Okazaki, N. / Arai, S. / Shoyama, Y. / Kimura, K. / Matsumura, H. / Sugiyama, S. / Adachi, H. / Takano, K. / Mori, Y. / Hidaka, K. / Kimura, T. / Hayashi, Y. / Kiso, Y. / Kuroki, R.
履歴
登録2009年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: protease
B: protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1493
ポリマ－21,4812
非ポリマー6681
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.500, 87.400, 46.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 protease


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / プラスミド: pET43a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9EKL4, UniProt: P03367*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-KNI / (4R)-N-tert-butyl-3-[(2S,3S)-2-hydroxy-3-({N-[(isoquinolin-5-yloxy)acetyl]-S-methyl-L-cysteinyl}amino)-4-phenylbutanoyl]-1,3-thiazolidine-4-carboxamide / KNI-272 / (N-TERT-BUTYL-THIOPROLINE)-(5-ISOQUINOLYLOXYACETYL-METHYLTHIOALANINE)-ALLOPHENYLNORSTATINE


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 667.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H41N5O6S2 / 参照: kynostatin 272
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: macroseeding procedure, a two-liquid batch method / pH: 5
詳細: 50mM citrate, 50mM Na-phosphate buffer, 0.061M ammonium sulfate, macroseeding procedure, a two-liquid batch method, temperature 293K, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: JRR-3M / ビームライン: 1G-A / 波長: 2.6 Å
検出器タイプ: neutron imaging plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月26日
放射モノクロメーター: elastically-bent perfect si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.2 Å / Num. obs: 16632 / % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→49.184 Å / SU ML: 0.24 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 754 4.9 %
Rwork0.1925 --
obs0.194 15381 77.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.734 Å2 / ksol: 0.579 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.2175 Å20 Å20 Å2
2--5.9887 Å20 Å2
3---10.1392 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 46 143 1701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0213741
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d2.516639
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.23881
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.156257
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.025666
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9002-2.04690.29431240.2889228562
2.0469-2.25290.2861220.2339277174
2.2529-2.57890.20841460.1828300480
2.5789-3.2490.20691750.1657321086
3.249-49.20080.19621870.1731335785

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る