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万見
- PDB-2zxy: Crystal Structure of Cytochrome c555 from Aquifex aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxy
タイトルCrystal Structure of Cytochrome c555 from Aquifex aeolicus
要素Cytochrome c552
キーワードOXYGEN BINDING / TRANSPORT PROTEIN / HEME PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c552
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Obuchi, M. / Kawahara, K. / Motooka, D. / Nakamura, S. / Yamanaka, M. / Takeda, T. / Uchiyama, S. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Sambongi, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Hyperstability and crystal structure of cytochrome c(555) from hyperthermophilic Aquifex aeolicus
著者: Obuchi, M. / Kawahara, K. / Motooka, D. / Nakamura, S. / Yamanaka, M. / Takeda, T. / Uchiyama, S. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Sambongi, Y.
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8832
ポリマ－9,2651
非ポリマー6191
水2,612145
1
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子

A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7674
ポリマ－18,5302
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.529, 32.993, 49.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-131-

HOH

詳細AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c552 / Cytochrome c555


分子量: 9264.803 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: cycB2, aq_1550 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RI90 / 参照: UniProt: O67504
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 39% PEG 4000, 0.8M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate dehydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL38B110.7
シンクロトロンSPring-8 BL38B121.73786, 1.74011, 1.69260
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU JUPITER 2101CCD2007年11月27日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2007年11月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
21.737861
31.740111
41.69261
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 25402 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.01 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.15→15.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16386 1257 5.1 %RANDOM
Rwork0.12711 ---
obs0.12899 23375 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→15.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数711 0 43 145 899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.932.1571064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.2785100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.67727.77827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81615143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3420.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3280.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6281.5477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5792764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9033299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2414.5300
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.1653776
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.0023145
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.4553754
LS精密化 シェル解像度: 1.153→1.183 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.131 80 -
Rwork0.113 1655 -
obs--93.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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