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万見
- PDB-2zws: Crystal Structure Analysis of neutral ceramidase from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zws
タイトルCrystal Structure Analysis of neutral ceramidase from Pseudomonas aeruginosa
要素Neutral ceramidase
キーワードHYDROLASE / prism fold and beta-sandwich fold / Lipid metabolism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine catabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramide catabolic process / sphingosine biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal domain / Neutral/alkaline nonlysosomal ceramidase / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, N-terminal / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal / Neutral ceramidase, C-terminal domain superfamily / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, N-terminal / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PALMITIC ACID / Neutral ceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kakuta, Y. / Okino, N. / Inoue, T. / Okano, H. / Ito, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mechanistic insights into the hydrolysis and synthesis of ceramide by neutral ceramidase.
著者: Inoue, T. / Okino, N. / Kakuta, Y. / Hijikata, A. / Okano, H. / Goda, H.M. / Tani, M. / Sueyoshi, N. / Kambayashi, K. / Matsumura, H. / Kai, Y. / Ito, M.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,90524
ポリマ－70,8551
非ポリマー2,05023
水11,764653
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Neutral ceramidase
ヘテロ分子

A: Neutral ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,81048
ポリマ－141,7112
非ポリマー4,10046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11940 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area45800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.175, 59.292, 70.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neutral ceramidase / NCDase / Acylsphingosine deacylase / N-acylsphingosine amidohydrolase


分子量: 70855.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I596, ceramidase

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非ポリマー , 6種, 676分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THESE SEQUENCE ARE FROM REFERENCE 1 IN UNP DATABASE, Q9I596.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 131655 / Num. obs: 131655 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.621 / % possible all: 51.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→22.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.544 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20641 6630 5 %RANDOM
Rwork0.17404 ---
all0.17565 125017 --
obs0.17565 125017 90.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4897 0 131 653 5681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9647536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3315739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97623.473262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40515900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0671546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.22939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.23694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2071.53409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78425416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05532365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1194.52073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.27435774
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.0793655
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.25935365
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 264 -
Rwork0.271 4875 -
obs--48.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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