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- PDB-2zo6: Crystal Structure of Kusabira-Cyan (KCY), a Cyan-Emitting GFP-Lik... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zo6
タイトルCrystal Structure of Kusabira-Cyan (KCY), a Cyan-Emitting GFP-Like Protein
要素CYAN-EMITTING GFP-LIKE PROTEIN, KUSABIRA-CYAN (KCY)
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / GFP-LIKE PROTEIN / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Fungia concinna (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kikuchi, A. / Fukumura, E. / Karasawa, S. / Miyawaki, A. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a new cyan fluorescent protein and its hue-shifted variants
著者: Kikuchi, A. / Fukumura, E. / Karasawa, S. / Shiro, Y. / Miyawaki, A.
履歴
登録2008年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
置き換え2012年5月2日ID: 2EJH
改定 1.22012年5月2日Group: Other
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYAN-EMITTING GFP-LIKE PROTEIN, KUSABIRA-CYAN (KCY)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2251
ポリマ－28,2251
非ポリマー00
水5,657314
1
A: CYAN-EMITTING GFP-LIKE PROTEIN, KUSABIRA-CYAN (KCY)

A: CYAN-EMITTING GFP-LIKE PROTEIN, KUSABIRA-CYAN (KCY)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4502
ポリマ－56,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.754, 42.804, 50.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-378-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYAN-EMITTING GFP-LIKE PROTEIN, KUSABIRA-CYAN (KCY)


分子量: 28224.953 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fungia concinna (無脊椎動物) / プラスミド: PRSET-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. RESIDUES - ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. RESIDUES -30-0 AND 219-223 ARE EXPRESSION TAGS. THE DIFFERENCE BETWEEN THE SEQUENCE DATABASE THAT WILL BE DEPOSITED AT A LATER TIME AND THE COORDINATES IS THAT GYS 63 REPRESENTS A CHROMOPHORE (SER-TYR-GLY). RESIDUES SER 62, TYR 63 AND GLY 64 ARE LABELLED AS RESIDUE 63 IN THE COORDINATES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M LICL, 20MM TRIS/HCL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月23日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 36604 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 62.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOU

1mou


解像度: 1.4→19.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1257321.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1823 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 36588 91.4 %-
all-36604 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.58 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7 Å20 Å2-0.64 Å2
2--10.52 Å20 Å2
3----6.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 0 314 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 211 4.8 %
Rwork0.245 4192 -
obs--66.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CRO.PARAMCRO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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