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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zlx | ||||||
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タイトル | Horse methemoglobin high salt, pH 7.0 (66% relative humidity) | ||||||
要素 |
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キーワード | Oxygen storage / Oxygen transport / protein hydration / allosteric transitions / variability in quaternary structure / solvent content and crystal structure / water-mediated transformation / Heme / Iron / Metal-binding / Polymorphism / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kaushal, P.S. / Sankaranarayanan, R. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Water-mediated variability in the structure of relaxed-state haemoglobin 著者: Kaushal, P.S. / Sankaranarayanan, R. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: A new relaxed state in horse methemoglobin characterized by crystallographic studies 著者: Sankaranarayanan, R. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Structures of human oxy- and deoxyhaemoglobin at different levels of humidity: variability in the T state 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2001 タイトル: Structure of human methaemoglobin: The variation of a theme 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #4: ジャーナル: Proc.R.Soc.Lond A Math.Phys.Sci. / 年: 1954 タイトル: The structure of hemoglobin III: Direct determination of the molecular transform 著者: Perutz, M.F. #5: ジャーナル: Acta Crystallogr. / 年: 1953 タイトル: Discontinuous lattice changes in hemoglobin crystal 著者: Huxley, H.E. / Kendrew, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zlx.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zlx.ent.gz | 96.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2zlx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2zlx_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2zlx_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2zlx_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/2zlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/2zlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15138.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958 #2: タンパク質 | 分子量: 16032.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7 詳細: 2.6M ammonium sulfate, 0.01M ammonium phosphate, pH 7.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月25日 / 詳細: OSMIC MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 11560 / % possible obs: 77.7 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 3.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1227 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2MHB 解像度: 2.8→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.578 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.351 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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