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万見
- PDB-2zix: Crystal structure of the Mus81-Eme1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zix
タイトルCrystal structure of the Mus81-Eme1 complex
要素
  • Crossover junction endonuclease EME1
  • Crossover junction endonuclease MUS81
キーワードHYDROLASE / Helix-hairpin-Helix / DNA damage / DNA recombination / DNA repair / Endonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nuclease / Nucleus / Polymorphism / Alternative splicing / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / heterochromatin / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ERCC4, Mus81-Eme1 complex, nuclease domain, subdomain 1 / ERCC4, Mus81-Eme1 complex, nuclease domain, subdomain 2 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Crossover junction endonuclease EME1, DNA-binding domain / Invariant Chain; Chain I / EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Rubrerythrin, domain 2 ...ERCC4, Mus81-Eme1 complex, nuclease domain, subdomain 1 / ERCC4, Mus81-Eme1 complex, nuclease domain, subdomain 2 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Crossover junction endonuclease EME1, DNA-binding domain / Invariant Chain; Chain I / EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Rubrerythrin, domain 2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / YefM-like fold / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / Other non-globular / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Special / DNA polymerase; domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endonuclease EME1 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chang, J.H. / Kim, J.J. / Choi, J.M. / Lee, J.H. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the Mus81-Eme1 complex
著者: Chang, J.H. / Kim, J.J. / Choi, J.M. / Lee, J.H. / Cho, Y.
履歴
登録2008年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0542
ポリマ－72,0542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.814, 85.814, 176.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endonuclease MUS81 / DNA structure specific endonuclease Mus81


分子量: 34146.965 Da / 分子数: 1
断片: Nuclease domain and C-terminal domain, UNP residues 246-551
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / プラスミド: pCDF duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Crossover junction endonuclease EME1 / hMMS4 / DNA repair protein Eme1


分子量: 37907.012 Da / 分子数: 1
断片: Nuclease-like domain and C-terminal domain, UNP residues 246-570
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EME1 / プラスミド: pET duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96AY2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BTP, 1.25M Li2SO4, 100mM MgCl2, 2mM CdCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 6.5, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 11204 / Num. obs: 10913 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 966 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZIU

2ziu


解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 20.698 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.869 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34554 441 4.8 %RANDOM
Rwork0.28524 ---
obs0.28815 8746 92.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å21.37 Å20 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 0 0 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0781.9735692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.8665519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.20423.264193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.53415755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4521544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4110.23506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3440.22763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3780.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4250.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3610.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 25 -
Rwork0.438 483 -
obs--72.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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