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- PDB-2zi8: Crystal structure of the HsaC extradiol dioxygenase from M. tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zi8
タイトルCrystal structure of the HsaC extradiol dioxygenase from M. tuberculosis in complex with 3,4-dihydroxy-9,10-seconandrost-1,3,5(10)-triene-9,17-dione (DHSA)
要素PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHSA / HsaC / extradiol dioxygenase / Mycobacterium tuberculosis / Aromatic hydrocarbons catabolism / Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-9,10-secoandrosta-1,3,5(10)-triene-9,17-dione 4,5-dioxygenase / 3,4-dihydroxy-9,10-secoandrosta-1,3,5(10)-triene-9,17-dione 4,5-dioxygenase activity / response to cholesterol / : / cholesterol catabolic process / lipid catabolic process / cholesterol metabolic process / ferrous iron binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-SDT / Iron-dependent extradiol dioxygenase / Iron-dependent extradiol dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者D'Angelo, I. / Yam, K.C. / Eltis, L.D. / Strynadka, N.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Studies of a ring-cleaving dioxygenase illuminate the role of cholesterol metabolism in the pathogenesis of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Yam, K.C. / D'Angelo, I. / Kalscheuer, R. / Zhu, H. / Wang, J.X. / Snieckus, V. / Ly, L.H. / Converse, P.J. / Jacobs, W.R. / Strynadka, N. / Eltis, L.D.
履歴
登録2008年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年4月8日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms ...database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
B: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0016
ポリマ－67,2572
非ポリマー7444
水8,719484
1
A: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
B: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
ヘテロ分子

A: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
B: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
ヘテロ分子

A: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
B: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
ヘテロ分子

A: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
B: PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,00424
ポリマ－269,0268
非ポリマー2,97816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.318, 124.318, 106.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE BPHC / EXTRADIOL DIOXYGENASE / 23OHBP OXYGENASE / 2 / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DIOXYGENASE / 2 / 3- ...EXTRADIOL DIOXYGENASE / 23OHBP OXYGENASE / 2 / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DIOXYGENASE / 2 / 3-DIHYDROXYBIPHENYL 1 / 2- DIOXYGENASE / DHBD / Extradiol ring-cleavage dioxygenase


分子量: 33628.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / プラスミド: pT7HC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ1158
参照: UniProt: P96850, UniProt: P9WNW7*PLUS, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SDT / 3,4-dihydroxy-9,10-secoandrosta-1(10),2,4-triene-9,17-dione / 3,4-dhsa / 3,4-ジヒドロキシ-9,10-セコアンドロスタ-1,3,5(10)-トリエン-9,17-ジオン


分子量: 316.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12-15% PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, 25% ethylene glycol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月20日 / 詳細: MC
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 56012 / Num. obs: 55996 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 6156 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HAN

1han


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 6.703 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 2156 5 %RANDOM
Rwork0.19388 ---
obs0.19738 40622 99.94 %-
all-40622 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 48 484 5236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0214869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4471.9696601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.5795601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52622.134239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.17315787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9661558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2370.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.22176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2740.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3541.53077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08224741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37532074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8264.51857
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 166 -
Rwork0.296 2919 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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