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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zg1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Two N-terminal Domains of Siglec-5 in Complex with 6'-Sialyllactose | ||||||
![]() | Sialic acid-binding Ig-like lectin 5 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / Siglec-5 inhibitory receptor / two-domain structure / V-set / C2-set / Ig-like domain / sialic acid / 6'-sialyllactose complex / Cell adhesion / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Lectin / Membrane / Polymorphism / Transmembrane / IMMUNE SYSTEM-CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() sialic acid binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / cell adhesion / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhuravleva, M.A. / Sun, P.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural implications of Siglec-5-mediated sialoglycan recognition 著者: Zhuravleva, M.A. / Trandem, K. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24332.354 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal V-set and C2-set domain, UNP residues 20-233 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-SIA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% MPEG 550, 0.1M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10119 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.446 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ZG2 解像度: 2.7→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 107 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å /
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Xplor file |
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