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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zex | |||||||||
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タイトル | Family 16 carbohydrate binding module | |||||||||
![]() | S-layer associated multidomain endoglucanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Family 16 CBM-1 cellopentaose complex / Glycosidase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() S-layer / metabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bae, B. / Nair, S.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis for the Selectivity and Specificity of Ligand Recognition by the Family 16 Carbohydrate-binding Modules from Thermoanaerobacterium polysaccharolyticum ManA 著者: Bae, B. / Ohene-Adjei, S. / Kocherginskaya, S. / Mackie, R.I. / Spies, M.A. / Cann, I.K. / Nair, S.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 882.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 884.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16090.850 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM-1, UNP residues 614-756 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: celA / プラスミド: pET-28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 30% PEG3350, 100mM Tris-HCL pH8.3, 200mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 82565 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 33.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 7690 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 87.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZEW 解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.177 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.038 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
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