PDB-2zeb: Potent, Nonpeptide Inhibitors of Human Mast Cell Tryptase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zeb

タイトル

Potent, Nonpeptide Inhibitors of Human Mast Cell Tryptase

要素

Tryptase beta 2

キーワード

HYDROLASE / tryptase / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Spurlino, J.C. / Lewandowski, F. / Milligan, C.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Potent, nonpeptide inhibitors of human mast cell tryptase. Synthesis and biological evaluation of novel spirocyclic piperidine amide derivatives
著者: Costanzo, M.J. / Yabut, S.C. / Zhang, H.-C. / White, K.B. / de Garavilla, L. / Wang, Y. / Minor, L.K. / Tounge, B.A. / Barnakov, A.N. / Lewandowski, F. / Milligan, C. / Spurlino, J.C. / ...

履歴

登録	2007年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zeb.cif.gz	200.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zeb.ent.gz	168.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zeb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zeb_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zeb_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2zeb_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	2zeb_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/2zeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/2zeb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2za5C 2zecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gdd-d 2fww-d 4mqa-1 2zec-d 5wi6-d 2bm2-d 2fxr-d 4a6l-d 2fpz-d 2za5-d 2fs8-d 3v7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptase beta 2

B: Tryptase beta 2

C: Tryptase beta 2

D: Tryptase beta 2

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.670, 82.670, 171.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Tryptase beta 2 分子量: 27265.131 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2 参照: UniProt: Q6B052, UniProt: Q15661*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-11M / 1-(1'-{[3-(methylsulfanyl)-2-benzothiophen-1-yl]carbonyl}spiro[1-benzofuran-3,4'-piperidin]-5-yl)methanamine 分子量: 424.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₂O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.24 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 38453 / B_iso Wilson estimate: 28.627 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.5→30 Å / FOM work R set: 0.844 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	1945	5.06 %
R_work	0.172	-	-
obs	-	38453	96.48 %

溶媒の処理

B_sol: 22.923 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.32 Å² / B_iso mean: 29.31 Å² / B_iso min: 12.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.949 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.949 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.898 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7648	0	116	299	8063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.136	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.086	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.497-2.508	0.183	311	X-RAY DIFFRACTION	73	58
2.508-2.52	0.191	488	X-RAY DIFFRACTION	73	90
2.52-2.532	0.19	483	X-RAY DIFFRACTION	73	89
2.532-2.544	0.195	470	X-RAY DIFFRACTION	73	87
2.544-2.556	0.18	469	X-RAY DIFFRACTION	73	87
2.556-2.569	0.211	508	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.569-2.582	0.192	491	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.582-2.595	0.194	499	X-RAY DIFFRACTION	73	90
2.595-2.609	0.192	467	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.609-2.622	0.194	472	X-RAY DIFFRACTION	73	89
2.622-2.636	0.195	488	X-RAY DIFFRACTION	73	88
2.636-2.651	0.197	501	X-RAY DIFFRACTION	73	87
2.651-2.665	0.199	479	X-RAY DIFFRACTION	73	87
2.665-2.68	0.2	482	X-RAY DIFFRACTION	73	93
2.68-2.696	0.193	464	X-RAY DIFFRACTION	73	88
2.696-2.711	0.195	494	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.711-2.727	0.215	489	X-RAY DIFFRACTION	73	89
2.727-2.744	0.2	505	X-RAY DIFFRACTION	73	90
2.744-2.761	0.205	514	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.761-2.778	0.198	463	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.778-2.796	0.207	486	X-RAY DIFFRACTION	73	90
2.796-2.814	0.211	499	X-RAY DIFFRACTION	73	92
2.814-2.832	0.201	523	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.832-2.851	0.199	485	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.851-2.871	0.215	523	X-RAY DIFFRACTION	73	92
2.871-2.891	0.2	480	X-RAY DIFFRACTION	73	92
2.891-2.912	0.226	498	X-RAY DIFFRACTION	73	92
2.912-2.934	0.197	514	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.934-2.955	0.203	481	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.955-2.978	0.207	496	X-RAY DIFFRACTION	73	91
2.978-3.002	0.21	498	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.002-3.026	0.204	495	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.026-3.051	0.214	518	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.051-3.077	0.197	528	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.077-3.103	0.2	465	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.103-3.131	0.203	506	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.131-3.16	0.195	518	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.16-3.19	0.199	514	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.19-3.221	0.19	487	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.221-3.253	0.178	493	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.253-3.286	0.192	520	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.286-3.321	0.18	513	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.321-3.358	0.182	519	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.358-3.396	0.161	510	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.396-3.436	0.169	508	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.436-3.478	0.16	503	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.478-3.522	0.166	494	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.522-3.568	0.162	519	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.568-3.617	0.166	504	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.617-3.669	0.15	521	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.669-3.723	0.151	507	X-RAY DIFFRACTION	73	92
3.723-3.781	0.153	515	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.781-3.843	0.166	485	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.843-3.91	0.144	524	X-RAY DIFFRACTION	73	94
3.91-3.981	0.141	495	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.981-4.057	0.133	527	X-RAY DIFFRACTION	73	93
4.057-4.14	0.129	514	X-RAY DIFFRACTION	73	93
4.14-4.23	0.133	498	X-RAY DIFFRACTION	73	94
4.23-4.328	0.13	537	X-RAY DIFFRACTION	73	93
4.328-4.436	0.12	498	X-RAY DIFFRACTION	73	94
4.436-4.556	0.124	503	X-RAY DIFFRACTION	73	95
4.556-4.69	0.13	531	X-RAY DIFFRACTION	73	94
4.69-4.841	0.122	530	X-RAY DIFFRACTION	73	94
4.841-5.014	0.135	503	X-RAY DIFFRACTION	73	95
5.014-5.214	0.133	510	X-RAY DIFFRACTION	73	93
5.214-5.451	0.147	520	X-RAY DIFFRACTION	73	94
5.451-5.738	0.148	521	X-RAY DIFFRACTION	73	94
5.738-6.096	0.167	513	X-RAY DIFFRACTION	73	95
6.096-6.565	0.157	524	X-RAY DIFFRACTION	73	95
6.565-7.222	0.167	523	X-RAY DIFFRACTION	73	95
7.222-8.26	0.163	537	X-RAY DIFFRACTION	73	94
8.26-10.378	0.141	518	X-RAY DIFFRACTION	73	94
10.378-40.885	0.172	520	X-RAY DIFFRACTION	73	93

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