[日本語] English
万見
- PDB-2zcl: Crystal structure of human prostate specific antigen complexed wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zcl
タイトルCrystal structure of human prostate specific antigen complexed with an activating antibody
要素
  • (monoclonal antibody 8G8F5 Fab) x 2
  • Prostate-specific antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / human PSA / antibodies / kallikrein related peptidases / prostate cancer / Glycoprotein / Hydrolase / Protease / Secreted / Serine protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


semenogelase / positive regulation of antibacterial peptide production / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / serine-type peptidase activity / negative regulation of angiogenesis / secretory granule / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...semenogelase / positive regulation of antibacterial peptide production / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / serine-type peptidase activity / negative regulation of angiogenesis / secretory granule / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostate-specific antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Menez, R. / Stura, E. / Jolivet-Reynaud, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a ternary complex between human prostate-specific antigen, its substrate acyl intermediate and an activating antibody
著者: Michel, S. / Muller, B.H. / Bossus, M. / Ducancel, F. / Jolivet-Reynaud, C. / Stura, E.A.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Prostate-specific antigen
L: monoclonal antibody 8G8F5 Fab
H: monoclonal antibody 8G8F5 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8355
ポリマ－74,3923
非ポリマー4422
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-18.1 kcal/mol
Surface area32420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.978, 87.978, 238.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Prostate-specific antigen / PSA / Kallikrein- 3 / Semenogelase / Gamma-seminoprotein / Seminin / P-30 antigen


分子量: 26122.025 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-261 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: human seminal fluids / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07288, semenogelase
#2: 抗体 monoclonal antibody 8G8F5 Fab


分子量: 23791.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascitic fluids / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/cjYco
#3: 抗体 monoclonal antibody 8G8F5 Fab


分子量: 24479.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascitic fluids / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/cjYco
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN L AND H DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: crystals grown in 14% MPEG550, 100mM HEPES (pH7.2), then soaked in 33% PEG400, 100mM MES (pH5.5), 10mM ZnCl2, 0.28mg/ml Mu-KGISSQY-AFC, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月8日
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→88.04 Å / Num. obs: 15532 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2175 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
PROCESSデータスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZCH

2zch


解像度: 3.25→82.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 42.302 / SU ML: 0.324 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25098 770 5 %RANDOM
Rwork0.20139 ---
obs0.20379 14687 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→82.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5219 0 28 12 5259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.9587343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.875310986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1475682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77524.528212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.18615852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2011521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.24906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.22579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.23391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.19724188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.13521386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54135535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.67622280
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1131808
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 62 -
Rwork0.254 1031 -
obs-1031 99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7023-0.1746-0.09460.965-0.31011.1039-0.0318-0.0106-0.0102-0.011-0.01880.0589-0.017-0.06380.0506-0.0568-0.00260.0064-0.0568-0.0101-0.052-31.9282-33.6511-17.7784
20.6786-0.2302-0.27280.73170.5960.93980.0488-0.0432-0.0145-0.01210.0635-0.1519-0.02020.1787-0.1123-0.04190.0180.0379-0.06240.0146-0.043712.5312-51.6734-46.6523
30.4806-0.3036-0.44490.74040.56050.5950.10010.09730.0302-0.1106-0.097-0.0175-0.0945-0.0957-0.00310.03170.0688-0.0121-0.0642-0.0166-0.0941-2.9238-53.4434-53.8542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1PA16 - 2461 - 237
2X-RAY DIFFRACTION1PD - E401 - 4031
3X-RAY DIFFRACTION2LB1 - 1101 - 114
4X-RAY DIFFRACTION2LB111 - 214115 - 218
5X-RAY DIFFRACTION3HC1 - 1131 - 122
6X-RAY DIFFRACTION3HC114 - 221123 - 230

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る