[日本語] English
万見
- PDB-2zbp: Crystal structure of ribosomal protein L11 methyltransferase from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbp
タイトルCrystal structure of ribosomal protein L11 methyltransferase from Thermus thermophilus in complex with S-adenosyl-L-methionine
要素Ribosomal protein L11 methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / S-adenosyl-L-methionine / AdoMet / AdoMet-dependent methyltransferase fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / Cytoplasm / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


histone methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1350 / Ribosomal protein L11 methyltransferase / Sun protein; domain 3 / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Vaccinia Virus protein VP39 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1350 / Ribosomal protein L11 methyltransferase / Sun protein; domain 3 / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Vaccinia Virus protein VP39 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal protein L11 methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID-BODY REFINEMENT / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kaminishi, T. / Sakai, H. / Takemoto-Hori, C. / Terada, T. / Nakagawa, N. / Maoka, N. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein L11 methyltransferase from Thermus thermophilus
著者: Kaminishi, T. / Sakai, H. / Takemoto-Hori, C. / Terada, T. / Nakagawa, N. / Maoka, N. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein L11 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0602
ポリマ－27,6621
非ポリマー3981
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribosomal protein L11 methyltransferase
ヘテロ分子

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1204
ポリマ－55,3242
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2430 Å2
ΔGint-18.9 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.454, 75.751, 62.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase / TT0836 protein


分子量: 27661.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: MES, ammonium sulfate, dioxane, 1,6-hexanediol, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 12983 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1269 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT / 解像度: 2.3→48.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 446599.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 647 5.2 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 12497 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.7107 Å2 / ksol: 0.353709 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.02 Å20 Å20.5 Å2
2--19.09 Å20 Å2
3----14.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 27 122 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 53 4.6 %
Rwork0.339 1106 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2sam_xplor_paramsam_xplor_top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る