[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3d7a: Crystal structure of DUF54 family protein PH1010 from hyperthermo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d7a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of DUF54 family protein PH1010 from hyperthermophilic archaea Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
Components | UPF0201 protein PH1010 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / DUF54 family | ||||||
Function / homology | Uncharacterised protein family UPF0201 / RNA binding / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0201 protein PH1010 Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Shirokane, M. / Miyazono, K.I. / Sawano, Y. / Tanokura, M. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2008 Title: Crystal structure of the DUF54 family protein PH1010 from hyperthermophilic archaea Pyrococcus horikoshii OT3. Authors: Miyazono, K.I. / Shirokane, M. / Sawano, Y. / Tanokura, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3d7a.cif.gz | 69.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3d7a.ent.gz | 52.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3d7a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3d7a_validation.pdf.gz | 435.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3d7a_full_validation.pdf.gz | 438.3 KB | Display | |
Data in XML | 3d7a_validation.xml.gz | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3d7a_validation.cif.gz | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16077.828 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (archaea) / Strain: OT3 / Gene: PH1010 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O58738 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.75 % / Mosaicity: 0.259 ° |
---|
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 25090 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 2.068 / Net I/σ(I): 16.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.498 / SU ML: 0.133 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.172 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.019 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
|