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万見
- PDB-2z8v: Structure of an IgNAR-AMA1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8v
タイトルStructure of an IgNAR-AMA1 complex
要素
  • Apical membrane antigen 1
  • New antigen receptor variable domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / AMA1-VNAR complex / 14I-1 / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
New antigen receptor variable domain / Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Streltsov, V.A. / Henderson, K.A. / Batchelor, A.H. / Coley, A.M. / Nuttall, S.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure of an IgNAR-AMA1 Complex: Targeting a Conserved Hydrophobic Cleft Broadens Malarial Strain Recognition
著者: Henderson, K.A. / Streltsov, V.A. / Coley, A.M. / Dolezal, O. / Hudson, P.J. / Batchelor, A.H. / Gupta, A. / Bai, T. / Murphy, V.J. / Anders, R.F. / Foley, M. / Nuttall, S.D.
履歴
登録2007年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
B: Apical membrane antigen 1
C: New antigen receptor variable domain
D: New antigen receptor variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3434
ポリマ－102,3434
非ポリマー00
水8,593477
1
A: Apical membrane antigen 1
D: New antigen receptor variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1712
ポリマ－51,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
手法PISA
2
B: Apical membrane antigen 1
C: New antigen receptor variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1712
ポリマ－51,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.327, 76.327, 140.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1


分子量: 38360.047 Da / 分子数: 2 / 断片: domain I, II, UNP residues 104-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: pPROEXHTB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KQK5
#2: タンパク質 New antigen receptor variable domain


分子量: 12811.331 Da / 分子数: 2 / Mutation: F29L/G92R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)
プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6X1E6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M phosphate citrate pH 4.2, 0.2M NaCl, 15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→66.08 Å / Num. all: 34389 / Num. obs: 34389 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1Z40 and 1VER

1z40

1ver


解像度: 2.35→38.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 23.513 / SU ML: 0.294 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.71 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28451 3806 10 %RANDOM
Rwork0.20151 ---
obs0.21001 34389 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.07 Å22.03 Å20 Å2
2--4.07 Å20 Å2
3----6.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7190 0 0 477 7667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.9529976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6695898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33424.833360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.528151268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4491534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.23441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.24819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2850.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6851.54617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19127240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66633178
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4794.52736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.347→2.408 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 271 -
Rwork0.286 2526 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1512-0.63590.19482.52860.34121.48330.09430.2553-0.3599-0.1128-0.0738-0.10230.19170.1499-0.0205-0.5125-0.0284-0.0378-0.5029-0.05930.128527.432-11.417-14.69
22.3853-0.57080.22754.1784-0.20331.45670.00670.0645-0.3154-0.3095-0.00710.29460.2067-0.0770.0005-0.52530.0214-0.0802-0.4979-0.00320.14243.851-29.519-38.189
37.2789-1.7699-0.36112.5492-0.32514.37310.2494-0.24240.1862-0.1202-0.05730.288-0.21290.3587-0.1921-0.24970.0396-0.0475-0.4434-0.00060.209827.661-53.992-34.288
45.66322.59040.43544.4685-0.30314.2010.23220.2746-0.28160.3241-0.02070.2367-0.31340.0347-0.2115-0.42480.042-0.0111-0.2265-0.01560.179760.701-2.978-10.785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA104 - 4381 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2BB104 - 4381 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1161 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1161 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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