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- PDB-2z6g: Crystal Structure of a Full-Length Zebrafish Beta-Catenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6g
タイトルCrystal Structure of a Full-Length Zebrafish Beta-Catenin
要素B-catenin
キーワードCELL ADHESION / Full-Length / Beta-Catenin
機能・相同性
機能・相同性情報


TCF dependent signaling in response to WNT / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / VEGFR2 mediated vascular permeability / Myogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / Transcriptional Regulation by VENTX / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / determination of dorsal/ventral asymmetry / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex ...TCF dependent signaling in response to WNT / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / VEGFR2 mediated vascular permeability / Myogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / Transcriptional Regulation by VENTX / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / determination of dorsal/ventral asymmetry / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / convergent extension / embryonic axis specification / zonula adherens / glomerular filtration / ectoderm development / alpha-catenin binding / catenin complex / dorsal/ventral pattern formation / microvillus / intercalated disc / canonical Wnt signaling pathway / liver development / nuclear receptor binding / adherens junction / cell-cell adhesion / cell cortex / protein phosphatase binding / transcription coactivator activity / cell adhesion / cadherin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Catenin beta-1 / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Xing, Y. / Takemaru, K. / Liu, J. / Zheng, J. / Moon, R. / Xu, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of a Full-Length beta-Catenin
著者: Xing, Y. / Takemaru, K. / Liu, J. / Berndt, J.D. / Zheng, J.J. / Moon, R.T. / Xu, W.
履歴
登録2007年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-catenin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6341
ポリマ－85,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.623, 112.819, 123.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 B-catenin


分子量: 85634.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q90424, UniProt: F1QGH7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M TRIS pH 7.5, 10% Ethanol, 25MM Spermine tetrahydrochloride, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ANL-ECT / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 12659 / Num. obs: 11140 / % possible obs: 75.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I7X

1i7x


解像度: 3.4→29.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 483797.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 562 5 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.281 11140 78.2 %-
all-12659 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.38 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.89 Å20 Å20 Å2
2--14.56 Å20 Å2
3----6.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.54 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4186 0 0 0 4186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.57
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.522.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 69 4.4 %
Rwork0.308 1509 -
obs-1509 68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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