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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z46 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Native-ORF134 | ||||||
![]() | ORF134 | ||||||
![]() | CHAPERONE / helix bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of ORF134 著者: Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15284.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4M Na acetate, 0.1M Na cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 37069 / % possible obs: 99.3 % / Biso Wilson estimate: 90.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.726 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Z44 解像度: 2.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 13.646 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.089 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.97→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.97→3.047 Å / Total num. of bins used: 20
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