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- PDB-2z44: Crystal Structure of Selenomethionine-labeled ORF134 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z44
タイトルCrystal Structure of Selenomethionine-labeled ORF134
要素ORF134
キーワードCHAPERONE / helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / protein folding chaperone / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin-like RbcX / RuBisCO chaperone RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RuBisCO chaperone RbcX
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of ORF134
著者: Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4721
ポリマ－15,4721
非ポリマー00
水61334
1
A: ORF134

A: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9432
ポリマ－30,9432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.461, 56.461, 85.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-136-

HOH

21A-149-

HOH

31A-153-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF134 / RbcX


分子量: 15471.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC7002 / 解説: In vitro translation / プラスミド: pIVEX2.3 / 参照: UniProt: Q44177
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50% PEG 200, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97923, 0.97946, 0.96423
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979231
20.979461
30.964231
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5247 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.048 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 248 4.5 %RANDOM
Rwork0.20452 ---
obs0.20823 5247 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å2-1.14 Å20 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3---3.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 0 34 929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.9831222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91531543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0235109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11424.77344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94115181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.034157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3240.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1191.5691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.5220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2882886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.883395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9714.5336
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 18 -
Rwork0.268 391 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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