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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z44 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Selenomethionine-labeled ORF134 | ||||||
![]() | ORF134 | ||||||
![]() | CHAPERONE / helix bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of ORF134 著者: Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 30.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15471.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50% PEG 200, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5247 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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