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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z35 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of immune receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / immune receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T cell receptor complex / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Garcia, K.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007 タイトル: Structural evidence for a germline-encoded T cell receptor-major histocompatibility complex interaction 'codon' 著者: Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Maynard, J. / Garcia, K.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequnce database for chain A and B does not currently exist in UNP. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z35.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z35.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z35.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z35 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12396.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R1F5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12079.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NTY6 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M mono-sodium dihydrogen phosphate, 0.8M mono-potassium dihydrogen phosphate and 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13532 / Num. obs: 13532 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 13532 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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