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- PDB-2z2c: MURA inhibited by unag-cnicin adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z2c
タイトルMURA inhibited by unag-cnicin adduct
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PEPTIDOGLYCAN / TRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE / CNICIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UDC / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Steinbach, A. / Skarzynski, T. / Scheidig, A.J. / Klein, C.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Antibacterial Target Enzyme Mura Synthesizes its Own Non-Covalent Suicide Inhibitor from the Natural Product Cnicin
著者: Steinbach, A. / Skarzynski, T. / Scheidig, A.J. / Klein, C.D.
履歴
登録2007年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
Item: _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist
改定 1.42020年6月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn_source / struct_conn
Item: _database_PDB_caveat.text / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,38612
ポリマ－181,3564
非ポリマー3,0308
水16,790932
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14730 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area50650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.127, 80.369, 84.871
Angle α, β, γ (deg.)108.69, 111.07, 101.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 45339.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: MURA / プラスミド: PET 30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P0A749, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 糖
ChemComp-UDC / 2-acetamido-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / 2-(acetylamino)-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-3-O-[(2S,3S)-2-carboxy-3,4-dihydroxybutan-2-yl]-2-deoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 353.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H23NO10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE LAST FOUR RESIDUES LEU VAL PRO ARG ARE LEFT-OVERS FROM A THROMBIN CLEAVAGE SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 4000, 100mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.14 Å / Num. all: 89740 / Num. obs: 84171 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5854 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UAE

1uae


解像度: 2.05→19.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 12.7 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27068 4202 5 %RANDOM
Rwork0.19102 ---
obs0.19487 79991 93.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0.05 Å2
3----0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.238 Å0.298 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12532 0 192 932 13656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02212904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.99617500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82751660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42623.889504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.229152212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.73215100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.22104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.27411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.28819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.58436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.269213264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19634851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3194.54236
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 298 -
Rwork0.239 5856 -
obs--93.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.813-0.25240.13732.6708-0.250.80820.0080.0602-0.05290.14490.0230.2433-0.00460.0264-0.0311-0.2003-0.0166-0.0062-0.04560.0236-0.17740.5630.294-0.034
21.11250.2109-0.31731.9567-0.42270.8251-0.0723-0.0547-0.0537-0.00050.04130.13050.09660.02670.031-0.1898-0.02140.0087-0.02520.0438-0.168612.892-34.247-1.121
31.5015-0.3771-0.11961.38820.06010.6689-0.06220.0362-0.0451-0.1361-0.04850.0406-0.0559-0.02760.1107-0.1094-0.0276-0.0285-0.04470.0195-0.1843-1.76-0.736-36.743
43.2447-1.2876-0.32982.15470.16180.7705-0.0365-0.0979-0.43580.006-0.01090.00870.1353-0.0610.0474-0.0919-0.0740.0225-0.00830.028-0.0817-0.829-37.453-35.788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4181 - 418
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 4181 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 4181 - 418
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 4181 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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