PDB-2yst: Solution structure of the third cadherin domain from human protoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yst

タイトル

Solution structure of the third cadherin domain from human protocadherin 7

要素

Protocadherin-7

キーワード

CELL ADHESION / Brain-heart protocadherin / BH-Pcdh / beta-sandwich / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

platelet alpha granule membrane / RHOB GTPase cycle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / RHOA GTPase cycle / Platelet degranulation / cell adhesion / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR

データ登録者

Seimiya, K. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the third cadherin domain from human protocadherin 7
著者: Seimiya, K. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yst.cif.gz	708.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yst.ent.gz	593.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yst_validation.pdf.gz	341.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yst_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	2yst_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	2yst_validation.cif.gz	62.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2yst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2yst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4w2o-4 3szm-3 3f65-4 2af0-d 2n02-d 3lx3-d 1r1m-d 1k05-3 3qrc-1 6erj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso002001251.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protocadherin-7

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protocadherin-7 / Brain-heart protocadherin / BH-Pcdh 分子量: 13069.393 Da / 分子数: 1 / 断片: Cadherin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: PCDH7, BHPCDH / プラスミド: P060515-20 / 参照: UniProt: O60245

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9818	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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