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- PDB-2ypg: Haemagglutinin of 1968 Human H3N2 Virus in Complex with Human Rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypg
タイトルHaemagglutinin of 1968 Human H3N2 Virus in Complex with Human Receptor Analogue LSTc
要素(HEMAGGLUTININ ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / RECEPTOR BINDING / MEMBRANE FUSION / INFLUENZA VIRUS EVOLUTION / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Liu, J. / Xiong, X. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Wharton, S.A. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Vachieri, S.G. / Christodoulou, E. / Walker, P.A. ...Liu, J. / Xiong, X. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Wharton, S.A. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Vachieri, S.G. / Christodoulou, E. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Hay, A.J. / Daniels, R.S. / McCauley, J.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Evolution of the Receptor Binding Properties of the Influenza A(H3N2) Hemagglutinin.
著者: Lin, Y.P. / Xiong, X. / Wharton, S.A. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Vachieri, S.G. / Christodoulou, E. / Walker, P.A. / Liu, J. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Hay, A.J. / Daniels, R.S. / Mccauley, J.W.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
B: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
C: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
D: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
E: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
F: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,68436
ポリマ－168,8336
非ポリマー10,85130
水7,800433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40200 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area72730 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)160.767, 160.767, 177.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

-
HEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN / HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 36065.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03437
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN / HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3
Fragment: HA2 OF BROMELAIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 346-520
由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03437

-
糖 , 7種, 17分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d6-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 446分子

#10: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.7-2 M TRIAMMONIUM CITRATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979492
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979492 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→177.21 Å / Num. obs: 104897 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→160.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 13.478 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19036 5238 5 %RANDOM
Rwork0.17704 ---
obs0.17771 99611 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.986 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→160.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11586 0 716 433 12735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4622.00317138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9213.00420270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.33851467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43324.733581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.415152004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7241572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 364 -
Rwork0.302 7254 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9095-1.14920.07231.0471-0.07490.52360.04130.24460.2025-0.1646-0.0746-0.0457-0.1362-0.07850.03320.2385-0.0602-0.01630.10590.03350.099233.850261.3534-11.312
22.64270.0918-0.1574.16880.55442.54140.10780.0250.28380.2784-0.12740.3317-0.1316-0.410.01950.18640.07160.00680.21950.00240.10235.35973.8124-1.362
32.0149-0.7545-0.05250.6707-0.02110.6820.04930.16380.06360.009-0.06060.0072-0.0433-0.13670.01130.2337-0.0559-0.03440.1070.02440.096827.493261.7631-7.2852
431.4812-7.72571.06846.36123.7335.5180.35830.65471.139-0.4613-0.098-0.7496-0.63520.5703-0.26030.3013-0.09350.12780.25370.06720.175170.707444.4637-9.6671
54.9001-1.6836-1.6261.74540.33832.09060.29270.63370.0881-0.4387-0.2479-0.1552-0.03650.1957-0.04490.30010.01190.05740.2454-0.01180.081373.537933.7889-14.9347
686.0215-51.046-6.111530.29523.62550.4361-0.21221.1371-1.59710.3277-0.27610.93360.0521-0.09970.48830.8550.18270.04330.9189-0.33890.732144.212544.2385-9.8335
71.2561-0.2981-0.50710.17550.17470.88650.1624-0.00990.1504-0.1891-0.0236-0.0283-0.18640.0347-0.13870.2923-0.0562-0.02190.156-0.00090.195648.930450.76791.0035
83.7113-1.9264-0.15675.7469-0.80084.81650.11580.3617-0.1863-0.3455-0.0295-0.4560.31160.3638-0.08630.24440.10550.06550.3157-0.10250.115686.238717.9721-14.5007
91.7149-1.5905-0.40412.320.40670.4444-0.0556-0.28570.32870.08680.1101-0.0655-0.14150.0949-0.05450.209-0.075-0.05020.1473-0.12760.209946.02966.943523.4922
104.0954-0.0456-0.51623.0604-0.30083.62070.1582-0.190.3979-0.10240.01370.4749-0.4132-0.2051-0.1720.29080.0647-0.09030.0422-0.09330.564220.168687.006719.1344
112.14520.982-1.14274.177-2.51444.04220.0162-0.29280.2485-0.0298-0.1430.6521-0.19760.13440.12680.21530.023-0.08090.0879-0.1480.473421.473281.68620.3427
121.9767-2.1845-0.26143.41380.50390.461-0.0993-0.24480.32180.06920.1409-0.2705-0.07890.15-0.04160.1582-0.0681-0.04240.15-0.0930.149452.381458.798721.5425
134.5367-1.82671.40331.595-0.68181.5350.0488-0.21750.3744-0.12180.0534-0.2624-0.05950.1232-0.10220.1474-0.0574-0.01420.2343-0.0670.148780.217134.457514.4348
146.3817-11.8195-12.55121.89523.253824.7036-0.08440.3702-0.4926-0.1244-0.75820.9091-0.1862-0.57120.84260.6966-0.42430.02631.3316-0.03472.127458.78655.965512.3789
151.3952-1.02720.26980.9485-0.04830.3313-0.079-0.29180.11910.05630.1517-0.0731-0.04250.019-0.07270.2056-0.0614-0.02150.2099-0.04440.189949.354347.808614.0388
164.2856-0.605-1.6835.25852.96235.11740.02850.3356-0.1952-0.14850.0437-0.48960.26540.4114-0.07220.06740.0453-0.01180.3063-0.02370.145194.116523.12154.6686
172.0538-1.0948-0.55180.7160.4560.5881-0.035-0.0713-0.38040.1072-0.01190.27210.1697-0.16220.04690.1713-0.10930.04420.11510.03250.214222.649938.784116.2293
183.5923-0.46990.25542.21340.16344.22820.07160.00170.0381-0.1223-0.11970.1553-0.1786-0.18980.04810.1385-0.04540.12550.1874-0.02880.17263.362663.497825.5901
191.5911-0.7223-0.72070.79770.53810.9391-0.0261-0.1722-0.17020.13880.02030.10430.1435-0.01980.00580.1166-0.1040.05890.16840.01550.167817.80247.571221.2651
207.5638-5.8337-2.4794.50711.86411.20130.34910.5349-0.4362-0.3052-0.39860.32970.1195-0.22870.04940.2652-0.0815-0.07550.1151-0.05570.272242.366128.92633.4268
212.9977-2.4779-0.654.08430.49411.60370.0016-0.1469-0.4514-0.02630.18640.52510.29590.1246-0.18810.2305-0.0489-0.09410.071-0.02690.224561.418613.45364.0368
221.9783-3.41982.96086.6622-4.30675.98490.4507-0.2047-0.0885-0.58960.0406-0.28711.3285-0.2825-0.49130.47-0.03710.05780.36590.12530.514430.908742.514614.7497
232.3999-2.3002-0.13112.59780.32370.58030.0541-0.01-0.2518-0.14230.01570.258-0.0019-0.0152-0.06980.2056-0.0726-0.02620.1041-0.01450.165945.990538.36773.812
247.4779-0.878-0.6054.3666-1.01633.69540.08390.3354-0.3789-0.141-0.0397-0.18340.53540.4143-0.04420.27170.1085-0.06190.1174-0.10790.1681.13855.7572.4622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A140 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3A223 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4A315 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6B55 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7B62 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8B120 - 173
9X-RAY DIFFRACTION9C9 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10C138 - 217
11X-RAY DIFFRACTION11C218 - 252
12X-RAY DIFFRACTION12C253 - 327
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14D56 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15D61 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16D120 - 172
17X-RAY DIFFRACTION17E9 - 138
18X-RAY DIFFRACTION18E139 - 222
19X-RAY DIFFRACTION19E223 - 298
20X-RAY DIFFRACTION20E299 - 326
21X-RAY DIFFRACTION21F1 - 56
22X-RAY DIFFRACTION22F57 - 71
23X-RAY DIFFRACTION23F72 - 120
24X-RAY DIFFRACTION24F121 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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