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万見
- PDB-2yoz: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yoz
タイトルCatalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, crystallized with 2'-AMPS
要素2,3-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
キーワードHYDROLASE / MYELIN / NERVOUS SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus / forebrain development / axonogenesis / adult locomotory behavior / response to toxic substance / melanosome / myelin sheath / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase fold / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase superfamily / Cyclic nucleotide phosphodiesterase / : / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-O-(sulfidophosphinato)adenosine / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Analysis of the Reaction Cycle of 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase, a Unique Member of the 2H Phosphoesterase Family
著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, I. / Kursula, P.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 2.02019年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2599
ポリマ－24,2941
非ポリマー9658
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.400, 47.880, 51.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2,3-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE / CNP / CNPASE


分子量: 24293.928 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

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非ポリマー , 6種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-OVE / 2'-O-(sulfidophosphinato)adenosine / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHOROTHIOATE


分子量: 363.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION TAG. RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO ...N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION TAG. RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO CNPASE ISOFORM 1 ( P16330-2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 4
詳細: 250 UM PROTEIN AND 10 MM 2, 3(SP)-CYCLIC-AMPS MIXED IN 0.5 PLUS 0.5 DROPS WITH 30% PEG4000 AND 50 MM ACETATE (1:1 MIX OF PH 3 AND PH 5) IN 4C TEMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.815
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.1 Å / Num. obs: 10896 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMI

2xmi


解像度: 2.1→16.999 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE INCLUDED IN RIDING POSITION. RESIDUES 158-160 AND 206-212 WERE EXCLUDED DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 543 5 %
Rwork0.1748 --
obs0.1773 10872 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→16.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 60 97 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8172331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.293639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0999-2.31080.30671340.2212549X-RAY DIFFRACTION99
2.3108-2.64410.26881360.20922585X-RAY DIFFRACTION100
2.6441-3.32720.26381360.17122583X-RAY DIFFRACTION100
3.3272-16.99910.17091370.15482612X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27920.64932.15261.2273-0.5926.28140.0605-0.4499-0.18170.27750.0524-0.60720.3890.5683-0.12240.28410.0265-0.11140.2251-0.02480.256443.609313.489580.2491
24.60844.9383.82466.30724.18393.6887-0.045-0.23460.2291-0.7098-0.1901-0.0369-0.4956-0.28740.28260.23140.0146-0.00720.29760.00340.274422.77869.227964.4478
31.5315-0.37880.64115.19395.0396.039-0.2235-0.1395-0.26780.8608-0.0970.76110.951-0.65080.18530.2939-0.05490.0170.35680.03580.280521.1044-8.372757.4161
41.65661.35090.69564.66311.23822.5618-0.2441-0.1775-0.19090.32870.0568-0.15450.1609-0.09760.09140.21020.0340.04810.1904-0.00760.186340.92037.559375.7989
51.59840.98130.61762.96051.60642.9639-0.07120.1239-0.077-0.22610.1455-0.3135-0.26010.357-0.11860.2108-0.03090.03970.2440.00550.194743.468411.837564.8976
65.610.0342-2.97136.9101-1.25725.4789-0.24040.0008-0.2148-0.1338-0.0324-0.45250.53880.20880.30410.1531-0.0081-0.02030.20790.01270.200337.5669-0.141463.9483
71.04070.04560.32882.85821.00212.8814-0.12590.15720.0828-0.62390.20190.1202-0.34370.0478-0.07610.20380.02310.02650.29270.03440.161631.45747.180456.8875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 161 THROUGH 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 175 THROUGH 194 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 195 THROUGH 220 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 221 THROUGH 248 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 249 THROUGH 308 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 309 THROUGH 335 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 336 THROUGH 378 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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