PDB-4wca: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wca

タイトル

Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation H230Q, complexed with citrate

要素

2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / myelin / nervous system

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.
著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P.

履歴

登録	2014年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wca.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wca.ent.gz	112.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbiC 4wblC 4wc9C 4wcbC 4wccC 4wdaC 4wdbC 4wddC 4wdeC 4wdfC 4wdgC 4wdhC 4wexC 4wfrC 5ae0C 2xmiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yoz-d 4coy-d 3zbr-2 4fyi-2 1q4k-2 4wdb-d 5dms-1 3zbr-1 4gib-2 1e48-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.430, 47.640, 107.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / CNPase 分子量: 24299.908 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues 179-378 / 変異: H230Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-acetate, PEG 4000/6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X12 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 18374 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.79 Å² / R_merge F obs: 0.129 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.955 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 118188

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9		4	0.918	0.713	1.83	5270	1322	1310	0.821	99.1
1.9-1.95			0.62	0.55	2.91	6613	1304	1301	0.615	99.8
1.95-2.01			0.428	0.46	3.9	7824	1273	1272	0.503	99.9
2.01-2.07			0.355	0.409	4.59	7820	1227	1226	0.446	99.9
2.07-2.14			0.273	0.299	6.3	7910	1207	1206	0.325	99.9
2.14-2.21			0.194	0.24	7.94	7693	1142	1142	0.26	100
2.21-2.29			0.172	0.205	9.51	7759	1130	1130	0.222	100
2.29-2.39			0.143	0.186	10.56	7587	1086	1086	0.202	100
2.39-2.49			0.133	0.16	12.1	7324	1036	1036	0.172	100
2.49-2.62			0.107	0.14	13.51	6979	993	993	0.152	100
2.62-2.76			0.092	0.113	16.13	6682	952	952	0.122	100
2.76-2.93			0.067	0.087	19.65	6255	891	891	0.094	100
2.93-3.13			0.053	0.069	23.94	6044	869	867	0.074	99.8
3.13-3.38			0.04	0.052	31.01	5501	796	796	0.056	100
3.38-3.7			0.031	0.044	34.99	5055	740	740	0.048	100
3.7-4.14			0.025	0.038	41.1	4528	666	666	0.041	100
4.14-4.78			0.022	0.036	44.41	3999	602	602	0.039	100
4.78-5.85			0.026	0.041	40.23	3357	516	516	0.045	100
5.85-8.27			0.023	0.033	38.18	2689	416	416	0.036	100
	8.27		0.016	0.022	44.87	1299	248	225	0.024	90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xmi

2xmi

解像度: 1.85→19.619 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	919	5 %
R_work	0.1631	17455	-
obs	0.1653	18374	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.04 Å² / B_iso mean: 33.2276 Å² / B_iso min: 10.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→19.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1618	0	129	138	1885
B_iso mean	-	-	49.23	37.51	-
残基数	-	-	-	-	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	2344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	297
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.626	671

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8501-1.9475	0.2778	127	0.2378	2426	2553	99
1.9475-2.0694	0.2626	129	0.1973	2445	2574	100
2.0694-2.229	0.2119	131	0.1685	2467	2598	100
2.229-2.4529	0.1987	128	0.1596	2458	2586	100
2.4529-2.807	0.2147	132	0.1597	2503	2635	100
2.807-3.5331	0.218	132	0.1464	2504	2636	100
3.5331-19.6206	0.1786	140	0.154	2652	2792	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1025	-1.6277	0.9276	3.9226	-2.1389	1.9189	-0.114	0.3451	0.3697	0.0754	-0.158	-0.2656	-0.1634	0.3041	0.2596	0.1273	-0.0142	0.0139	0.1235	-0.01	0.1048	0.1866	13.0987	-21.4438
2	5.813	-3.7886	1.3292	5.6887	-0.4587	2.4154	-0.2219	-0.455	-0.7485	0.4653	0.2294	0.4013	1.2364	0.2977	0.0497	0.5647	0.0701	-0.0626	0.2772	0.0453	0.3301	10.6196	-6.5036	-7.0817
3	2.1853	-2.4699	2.2926	2.8456	-2.625	3.1495	0.1313	0.2491	-0.026	-0.0596	-0.146	-0.004	0.1918	0.0943	0.035	0.1253	-0.0155	0.0351	0.1533	-0.0341	0.1261	-4.0989	6.8149	-24.3557
4	9.0919	-2.0839	-2.3818	8.1723	-0.6731	4.0032	-0.1359	0.1229	0.1481	-0.2017	0.069	0.8982	-0.209	-0.4853	0.0922	0.1431	0.0607	-0.0106	0.1684	0.0422	0.1646	-18.1987	21.0626	-25.663
5	3.3085	-2.5472	0.57	2.5273	-1.5109	2.5896	-0.098	-0.1476	-0.2039	0.3915	0.1698	0.4146	-0.241	-0.4201	-0.023	0.1875	0.0279	0.0333	0.2044	-0.0047	0.1568	-10.1599	11.5018	-13.7904
6	3.0327	-0.6233	0.3997	2.7038	-0.227	3.0951	-0.0136	-0.3264	-0.1416	0.4333	-0.0649	0.0752	0.0228	-0.222	0.0546	0.1919	-0.0312	0.0251	0.1259	0.0192	0.1169	-4.5201	3.3337	-9.2983
7	1.4076	-1.3609	2.0102	1.792	-2.9074	4.8592	-0.1767	-0.025	0.0686	0.2255	0.0931	-0.0352	-0.2976	0.0713	0.0557	0.1921	-0.0315	-0.003	0.1542	-0.0277	0.1686	-1.928	12.3069	-13.5551

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 161 through 193 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 194 through 216 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 243 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 259 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 260 through 299 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 300 through 355 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 356 through 378 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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