PDB-4wde: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wde

タイトル

Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation T311A

要素

2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / myelin / nervous system

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.
著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P.

履歴

登録	2014年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wde.cif.gz	255 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wde.ent.gz	210.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbiC 4wblC 4wc9C 4wcaC 4wcbC 4wccC 4wdaC 4wdbC 4wddC 4wdfC 4wdgC 4wdhC 4wexC 4wfrC 5ae0C 2xmiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xmi-d 5f0s-2 4wda-d 3p35-3 5imu-d 2vga-d 2ype-d 2ydc-d 3vqm-7 3hih-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

B: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.370, 46.440, 107.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.930, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / CNPase 分子量: 24263.902 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 179-378 / 変異: T311A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-citrate, PEG 4000 / 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X12 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 16418 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.43 Å² / R_merge F obs: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_rim(I) all: 0.217 / Χ²: 0.906 / Net I/σ(I): 6.99 / Num. measured all: 59872

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46		3	0.451	0.937	1.29	3304	1229	1101	1.145	89.6
2.46-2.53			0.571	0.881	1.6	3919	1172	1159	1.045	98.9
2.53-2.6			0.69	0.816	1.93	4347	1167	1162	0.953	99.6
2.6-2.68			0.745	0.687	2.32	4220	1132	1130	0.803	99.8
2.68-2.77			0.808	0.583	2.75	4007	1071	1066	0.68	99.5
2.77-2.87			0.879	0.447	3.39	3953	1055	1053	0.521	99.8
2.87-2.98			0.917	0.382	3.95	3841	1022	1022	0.445	100
2.98-3.1			0.936	0.298	5.08	3692	985	985	0.348	100
3.1-3.24			0.954	0.245	5.91	3477	924	923	0.286	99.9
3.24-3.39			0.973	0.173	8.26	3318	890	889	0.202	99.9
3.39-3.58			0.982	0.155	8.58	3283	880	880	0.181	100
3.58-3.79			0.988	0.118	10.51	2974	795	796	0.139	100
3.79-4.06			0.988	0.101	12.75	2822	765	763	0.119	99.7
4.06-4.38			0.993	0.08	15.03	2620	712	710	0.094	99.7
4.38-4.8			0.993	0.078	15.93	2472	672	669	0.091	99.6
4.8-5.37			0.994	0.085	13.98	2224	605	604	0.099	99.8
5.37-6.2			0.991	0.094	12.56	1918	525	523	0.11	99.6
6.2-7.59			0.988	0.106	11.37	1622	448	446	0.124	99.6
7.59-10.73			0.997	0.047	20.13	1284	369	369	0.055	100
	10.73		0.999	0.039	22.69	575	206	168	0.046	81.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xmi

2xmi

解像度: 2.4→19.673 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	1646	10.04 %
R_work	0.2487	14750	-
obs	0.2537	16396	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.53 Å² / B_iso mean: 46.1172 Å² / B_iso min: 3.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→19.673 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3317	0	14	141	3472
B_iso mean	-	-	52.22	30.04	-
残基数	-	-	-	-	427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.628	4596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.835	1271

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4001-2.4706	0.3752	134	0.3397	1109	1243	90
2.4706-2.5502	0.3811	134	0.3161	1217	1351	99
2.5502-2.6411	0.3601	136	0.3225	1234	1370	100
2.6411-2.7466	0.4075	134	0.3083	1231	1365	100
2.7466-2.8713	0.353	139	0.2872	1223	1362	100
2.8713-3.0221	0.3268	134	0.2735	1246	1380	100
3.0221-3.2107	0.3267	137	0.2818	1217	1354	100
3.2107-3.4574	0.3009	137	0.2398	1242	1379	100
3.4574-3.8031	0.2843	135	0.2282	1239	1374	100
3.8031-4.3482	0.2361	147	0.2075	1245	1392	100
4.3482-5.4588	0.2314	133	0.2033	1249	1382	99
5.4588-19.674	0.2812	146	0.2201	1298	1444	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5141	1.6323	1.3936	2.8771	1.0946	2.4097	-0.0403	0.069	-0.0326	0.0557	0.1262	-0.0141	-0.0431	-0.0772	-0.0963	0.171	0.0007	-0.0142	0.198	0.051	0.3921	41.8748	8.8643	45.1131
2	1.8835	-0.3511	2.2506	1.2353	0.8804	3.941	0.195	0.2439	-0.1713	-0.1258	0.0423	-0.1803	0.1245	0.4743	-0.1977	0.2295	0.0018	0.0588	0.2873	0.0545	0.3817	44.3134	5.3424	37.6911
3	3.3619	0.1568	-2.4751	3.1667	0.2634	4.3307	-0.4591	0.2784	-0.0181	-0.0409	0.2042	0.0644	0.2973	-0.4404	0.2243	0.2284	-0.0106	-0.0739	0.2001	-0.01	0.1759	21.945	13.0652	5.072
4	7.5413	-6.3104	1.5135	8.3574	3.2096	6.8964	0.2046	-0.3671	0.0773	-0.534	-0.6552	-0.6146	-0.5782	-0.4007	0.3033	0.5482	0.1217	-0.022	0.3586	0.0361	0.905	12.5616	33.4345	21.8908
5	2.3946	0.9047	2.3418	5.4016	-2.4893	4.7248	0.4383	-0.4744	0.6251	0.209	-0.0746	-0.149	-0.2961	-0.5616	-0.202	0.1158	-0.0268	0.0186	0.2346	-0.0772	0.4797	12.6512	26.4195	8.5433
6	6.639	4.9074	-0.4012	4.7791	-0.2011	5.5969	-0.353	0.3509	-0.1272	-0.6888	0.5088	-0.161	0.1384	0.2157	0.0167	0.202	-0.0517	0.0076	0.1983	0.0181	0.5109	34.8727	16.7144	-0.3013
7	7.2902	-1.4162	0.1876	1.4139	1.1575	2.2588	-0.1302	0.6025	-0.5004	-0.3979	0.1703	-0.6344	0.0076	0.0825	-0.1162	0.4041	0.1064	0.0377	0.1825	-0.0308	0.2192	40.2122	5.6067	1.5088
8	1.9249	-0.0018	-0.9971	0.5333	1.346	3.9322	-0.2948	-0.1375	0.2273	0.158	0.4247	0.015	0.3862	-0.1398	-0.0724	0.1764	-0.0109	-0.0451	0.1453	-0.0136	0.2348	23.7818	15.9267	14.5179
9	4.405	-1.6034	0.8335	8.0709	5.6458	4.8943	-0.0765	0.052	0.6188	-0.4794	0.6502	-0.3535	-0.8382	0.5767	-0.413	0.5657	0.0499	-0.089	0.2207	-0.0293	0.4678	37.9011	10.6798	12.2113
10	1.4171	-1.1734	0.481	0.99	-0.6786	4.1653	-0.0678	0.1834	0.0001	-0.0435	0.0461	-0.3118	-0.586	0.4502	0.2255	0.1673	-0.0165	-0.135	0.2675	-0.0758	0.6112	29.2812	22.0156	11.3566
11	2.4355	-2.4751	0.6269	6.9191	-1.6582	2.4972	0.1226	-0.2908	0.3736	0.2041	0.0628	-1.0568	-0.1924	0.1404	0.1164	0.2418	0.0086	-0.0967	0.2204	0.0044	0.8717	29.7755	25.0325	16.5751
12	8.2588	5.636	-6.4941	6.8722	-4.6033	5.1333	0.1493	-1.2224	-0.1419	-0.0228	-0.3316	0.2461	0.2738	1.2856	-0.008	0.4685	0.0397	-0.0956	0.4934	-0.0475	0.4269	19.3348	23.6619	26.3606
13	0.3452	-0.7032	-0.8732	1.9421	2.2373	4.0815	0.1194	-0.0113	-0.1363	-0.0508	0.0256	0.0306	-0.0499	-0.5087	-0.1562	0.1925	-0.0054	-0.009	0.3242	-0.0015	0.5707	23.269	11.1751	11.9824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 161 through 288 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 289 through 378 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 160 through 194 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 195 through 205 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 229 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 230 through 243 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 244 through 259 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 280 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 281 through 297 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 298 through 319 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 320 through 336 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 337 through 358 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 359 through 378 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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