PDB-2yoe: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yoe

タイトル

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with GABA and flurazepam

要素

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CYS-LOOP RECEPTOR / GABA-A RECEPTOR / BENZODIAZEPINE

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Spurny, R. / Brams, M. / Nury, H. / Legrand, P. / Ulens, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Pentameric Ligand-Gated Ion Channel Elic is Activated by Gaba and Modulated by Benzodiazepines.
著者: Spurny, R. / Ramerstorfer, J. / Price, K. / Brams, M. / Ernst, M. / Nury, H. / Verheij, M. / Legrand, P. / Bertrand, D. / Bertrand, S. / Dougherty, D.A. / De Esch, I.J.P. / Corringer, P. / ...

履歴

登録	2012年10月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2012年10月31日	ID: 4A96
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yoe.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yoe.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yoe_validation.pdf.gz	836.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yoe_full_validation.pdf.gz	906.7 KB	表示
XML形式データ	2yoe_validation.xml.gz	106.9 KB	表示
CIF形式データ	2yoe_validation.cif.gz	139.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a97C 4a98C 2vl0S 2yks C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a97-1 4twh-2 4twh-1 4twf-2 3rqu-1 6hk0-2 3rqu-2 5sxu-1 6hk0-1 4z90-1 5sxv-2 5heo-1 3zkr-2 4z90-2 4a97-2 2vl0-2 5hej-1 3uq7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

354 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.771, 266.512, 110.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 11:148 OR RESSEQ 150:317 )

#1: タンパク質	CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL / ELIC 分子量: 35383.367 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 化合物	ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA 分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂
#3: 化合物	ChemComp-FL7 / Flurazepam / フルラゼパム分子量: 387.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃ClFN₃O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.61 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→24.98 Å / Num. obs: 54291 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 115.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 3.9→25.028 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2561	5.1 %
R_work	0.1852	-	-
obs	0.1875	50420	95.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 97.77 Å² / k_sol: 0.259 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→25.028 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24980	0	41	0	25021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	25700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	35030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.498	9210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4470

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	3	C	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	4	D	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087
1	5	E	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	6	F	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	7	G	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	8	H	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
1	9	I	2491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
1	10	J	2494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9-3.9748	0.3192	129	0.3074	2588	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9748-4.0556	0.2901	152	0.2573	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0556-4.1434	0.2848	141	0.2228	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1434-4.2393	0.2603	141	0.2029	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2393-4.3448	0.2392	128	0.1864	2695	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3448-4.4616	0.2189	141	0.1724	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4616-4.5921	0.2086	142	0.1569	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5921-4.7394	0.1899	169	0.1495	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7394-4.9075	0.2263	139	0.1507	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9075-5.1025	0.2243	133	0.1556	2701	X-RAY DIFFRACTION	96
5.1025-5.3325	0.2144	146	0.1434	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3325-5.6107	0.2018	127	0.157	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6107-5.9578	0.2352	144	0.1637	2643	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9578-6.4106	0.2178	145	0.178	2655	X-RAY DIFFRACTION	95
6.4106-7.0427	0.2795	145	0.1978	2659	X-RAY DIFFRACTION	95
7.0427-8.0322	0.2267	145	0.1873	2616	X-RAY DIFFRACTION	95
8.0322-10.0108	0.1691	136	0.1605	2619	X-RAY DIFFRACTION	94
10.0108-25.0289	0.2518	158	0.2281	2577	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4061	-0.439	0.1794	1.7654	2.0946	7.9367	0.1287	-0.1113	-0.1804	0.2447	0.0551	0.531	0.0789	-0.7975	-0.0491	0.8959	-0.1893	0.114	0.88	0.0735	0.8767	-124.0116	-50.9626	-44.6775
2	1.435	-0.3669	-1.2443	2.3851	1.4475	7.4128	0.0361	-0.1749	-0.1669	0.1162	0.2051	-0.0581	0.0513	0.0366	-0.1122	1.0077	0.1051	0.0732	0.5024	0.0354	0.8923	-103.5019	-62.7383	-40.2131
3	1.4327	-0.2265	-1.1612	1.3397	0.6158	7.2284	0.1278	-0.1791	0.0187	0.1946	0.2417	-0.5129	0.2149	0.4987	-0.3558	0.8515	0.0768	0.0707	0.5334	-0.0702	0.9308	-85.2874	-47.2359	-42.1466
4	1.1031	-0.2014	-1.1121	0.8881	1.2434	8.335	0.2406	-0.0748	0.2556	0.0214	0.0684	-0.4209	-0.0309	0.1496	-0.3676	1.0976	0.0107	0.2673	0.4755	-0.0445	0.9929	-94.3818	-25.6686	-47.6473
5	0.6497	0.2147	0.235	1.711	0.2259	4.9142	0.0385	-0.0736	0.2047	-0.1582	0.1609	0.2225	-1.0267	-0.3794	-0.1574	0.9698	0.3573	0.2084	0.9679	0.149	0.8393	-118.4514	-27.9832	-49.2413
6	7.177	2.1907	-0.8601	1.7917	-0.1172	0.7942	0.062	-1.032	0.0299	0.5224	-0.1791	-0.1251	0.0461	-0.0203	0.1391	0.958	0.1506	0.1059	0.9244	0.1376	1.0231	-80.9519	-119.1199	-17.4647
7	7.1432	2.1098	1.3284	1.4873	0.4796	1.4798	-0.3862	-0.0212	-0.3522	-0.1638	0.1711	-0.219	0.3067	0.2835	0.1983	0.8819	0.0918	0.2683	0.5618	0.0656	1.0836	-77.1644	-129.786	-38.7255
8	8.3502	1.0186	2.4374	1.4346	0.2806	1.2843	-0.2092	0.8405	-0.267	-0.4169	0.1301	-0.3836	0.0985	0.3799	0.249	0.9901	-0.108	0.3165	0.629	0.0249	1.0447	-79.8	-113.2924	-56.0416
9	8.0257	0.7154	0.4941	1.6413	-0.2924	0.8682	-0.2675	-0.0081	-0.2421	-0.1419	0.1146	-0.2955	-0.1529	0.1176	0.3322	0.9485	0.0446	0.0581	0.5999	-0.0339	1.2237	-85.1292	-92.3578	-45.6113
10	7.9554	0.675	-0.6327	1.1265	-0.2222	0.5117	-0.2089	-0.9489	0.4105	0.3503	0.0637	-0.0062	-0.1929	0.1104	0.2182	0.9078	0.1058	0.0655	0.8882	-0.3063	0.9884	-85.8792	-95.9667	-21.6705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)