PDB-4a98: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a98

タイトル

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoflurazepam

要素

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CYS-LOOP RECEPTOR / GABA-A RECEPTOR / BENZODIAZEPINE

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.61 Å

データ登録者

Spurny, R. / Brams, M. / Nury, H. / Legrand, P. / Ulens, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Pentameric Ligand-Gated Ion Channel Elic is Activated by Gaba and Modulated by Benzodiazepines.
著者: Spurny, R. / Ramerstorfer, J. / Price, K. / Brams, M. / Ernst, M. / Nury, H. / Verheij, M. / Legrand, P. / Bertrand, D. / Bertrand, S. / Dougherty, D.A. / De Esch, I.J.P. / Corringer, P. / ...

履歴

登録	2011年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a98.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a98.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/4a98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/4a98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yoeC 4a97C 2vl0S 2yks C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uq4-2 4a97-1 3uq5-2 3uq7-1 4twf-1 3uq4-1 4twh-2 2vl0-1 2vl0-2 4a97-2 4twf-2 5heo-2 4twd-2 3zkr-1 2yoe-2 5heo-1 4twd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

358 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.400, 268.200, 111.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL / ELIC 分子量: 35383.367 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 11-316 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 化合物	ChemComp-BFZ / 7-BROMO-1-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-5-(2-FLUOROPHENYL)-1,3-DIHYDRO-2H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-ONE / BROMOFLURAZEPAM 分子量: 432.329 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃BrFN₃O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.19 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91936
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.61→44.63 Å / Num. obs: 67378 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 93.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 3.61→25.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9031 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2454	3412	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2306	-	-	-
obs	0.2314	67357	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 137.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.2009 Å²	0 Å²	-11.3481 Å²
2-	-	14.6163 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4154 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.986 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.61→25.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24850	0	270	0	25120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	25820	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.91	35210	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11420	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		670	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3780	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25820	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.08
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3370	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		28258	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.61→3.7 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3075	244	5.25 %
R_work	0.2666	4407	-
all	0.2687	4651	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6257	-0.4061	-0.6252	1.1663	0.7524	4.5809	-0.038	0.0565	-0.3098	0.2845	0.2114	0.485	0.2361	-0.6495	-0.1734	0.0582	-0.0803	0.2286	-0.0604	0.1119	-0.2024	-125.1419	-51.1803	-44.2025
2	0.9765	-0.7124	-1.7151	2.5858	1.457	5.9636	0.1322	-0.1733	-0.1177	0.1588	0.2287	-0.117	0.2676	0.0047	-0.361	-0.1042	0.026	0.0965	-0.4633	0.0581	-0.1847	-104.7273	-62.8273	-39.9711
3	1.0545	-0.3693	-1.3987	1.763	0.4325	6.0184	0.143	-0.1972	0.109	0.0575	0.1309	-0.5374	-0.0513	0.3948	-0.2738	-0.2614	0.0529	0.0772	-0.2935	-0.0984	-0.1172	-86.7023	-47.3138	-42.1779
4	1.2348	-0.1612	-0.7064	1.2045	0.4778	7.4441	0.1407	-0.0148	0.3282	-0.0418	0.0987	-0.2557	-0.3487	-0.2599	-0.2394	0.1077	0.1053	0.284	-0.4864	-0.0209	-0.1256	-95.9815	-25.9142	-47.6673
5	0.1829	-0.0533	0.3339	1.5466	1.0931	6.7619	0.1181	0.0577	0.0662	0.0951	0.0865	0.3046	-0.1577	-0.5871	-0.2046	-0.0138	0.248	0.3106	0.118	0.1028	-0.2281	-119.8503	-28.2972	-48.9815
6	5.4373	1.3378	-0.1013	1.1396	0	1.0019	-0.1596	-0.5826	0.0028	0.2052	0.0268	-0.3166	0.2205	0.1221	0.1328	-0.3018	0.1302	0.1673	-0.115	-0.0127	0.182	-81.6868	-119.43	-17.9435
7	7.6358	1.4888	0.9836	1.6719	0.1974	1.0249	-0.1805	-0.0238	-0.0689	-0.2374	-0.0397	-0.2748	0.3238	0.2	0.2202	-0.1427	0.0164	0.2949	-0.4146	0.0021	0.0694	-78.0294	-129.977	-39.0804
8	4.9164	-0.1889	0.726	1.6132	-0.063	0.8383	-0.2571	0.5216	0.3294	-0.6071	0.048	-0.3401	0.0137	0.0882	0.2091	0.0157	-0.1644	0.3253	-0.3438	0.0336	-0.0863	-80.7684	-113.464	-56.1699
9	6.3903	0.4093	-0.6186	1.6712	-0.2375	0.9673	-0.2811	-0.38	0.3978	-0.1132	0.1488	-0.1644	-0.3094	-0.0316	0.1323	-0.2301	-0.0474	0.0653	-0.573	-0.0194	0.1487	-86.0723	-92.648	-45.6492
10	6.331	1.3182	-0.948	1.7483	-0.4105	0.7079	-0.1862	-0.7504	0.1412	0.3845	0.0497	-0.2634	-0.2271	0.13	0.1365	-0.246	0.0659	0.0784	-0.1038	-0.2535	-0.0077	-86.6357	-96.3314	-21.9107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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