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- PDB-2yoa: Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yoa
タイトルSynaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine
要素SYNAPTOTAGMIN-1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / exocytic vesicle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle fusion / positive regulation of dopamine secretion / calcium-ion regulated exocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / secretory granule / molecular condensate scaffold activity / terminal bouton / phospholipid binding / response to calcium ion / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / PHOSPHOSERINE / Synaptotagmin-1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Honigmann, A. / van den Bogaart, G. / Iraheta, E. / Risselada, H.J. / Milovanovic, D. / Mueller, V. / Muellar, S. / Diederichsen, U. / Fasshauer, D. / Grubmuller, H. ...Honigmann, A. / van den Bogaart, G. / Iraheta, E. / Risselada, H.J. / Milovanovic, D. / Mueller, V. / Muellar, S. / Diederichsen, U. / Fasshauer, D. / Grubmuller, H. / Hell, S.W. / Eggeling, C. / Kuhnel, K. / Jahn, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Clusters Act as Molecular Beacons for Vesicle Recruitment
著者: Honigmann, A. / Van Den Bogaart, G. / Iraheta, E. / Risselada, H.J. / Milovanovic, D. / Mueller, V. / Muellar, S. / Diederichsen, U. / Fasshauer, D. / Grubmuller, H. / Hell, S.W. / Eggeling, ...著者: Honigmann, A. / Van Den Bogaart, G. / Iraheta, E. / Risselada, H.J. / Milovanovic, D. / Mueller, V. / Muellar, S. / Diederichsen, U. / Fasshauer, D. / Grubmuller, H. / Hell, S.W. / Eggeling, C. / Kuhnel, K. / Jahn, R.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNAPTOTAGMIN-1
B: SYNAPTOTAGMIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,65216
ポリマ－34,7112
非ポリマー94114
水4,612256
1
A: SYNAPTOTAGMIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8178
ポリマ－17,3551
非ポリマー4627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SYNAPTOTAGMIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8358
ポリマ－17,3551
非ポリマー4807
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.000, 97.000, 89.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2102-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SYNAPTOTAGMIN-1 / SYNAPTOTAGMIN I / SYTI / P65


分子量: 17355.268 Da / 分子数: 2 / 断片: C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21707
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M KSCN, 20 % PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 66840 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 43.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UOV

1uov


解像度: 1.5→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.743 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20404 3342 5 %RANDOM
Rwork0.18255 ---
obs0.18361 63497 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2385 0 44 256 2685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9763363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.055304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95625.094106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87515.063476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9561510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.21105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0940.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4810.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0830.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9611.51550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58422472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4483967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7114.5891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46732517
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.2773260
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.89832456
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 203 -
Rwork0.171 3865 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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