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- PDB-2ynq: Crystal Structure of Geobacillus thermodenitrificans EssB extrace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ynq
タイトルCrystal Structure of Geobacillus thermodenitrificans EssB extracellular fragment
要素ESSB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SECRETION / ESS / TYPE V / SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system EssB, C-terminal-like domain / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Type VII secretion protein EssB
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zoltner, M. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: The Architecture of Essb, an Integral Membrane Component of the Type Vii Secretion System.
著者: Zoltner, M. / Norman, D.G. / Fyfe, P.K. / El Mkami, H. / Palmer, T. / Hunter, W.N.
履歴
登録2012年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESSB
B: ESSB
C: ESSB
D: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,59116
ポリマ－75,9714
非ポリマー62012
水4,432246
1
A: ESSB
D: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2848
ポリマ－37,9852
非ポリマー2996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-48.7 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
2
B: ESSB
ヘテロ分子

B: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3068
ポリマ－37,9852
非ポリマー3216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3830 Å2
ΔGint-53.4 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
3
C: ESSB
ヘテロ分子

C: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3068
ポリマ－37,9852
非ポリマー3216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
4
A: ESSB
ヘテロ分子

B: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3299
ポリマ－37,9852
非ポリマー3447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area2690 Å2
ΔGint-38.9 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
5
D: ESSB
ヘテロ分子

C: ESSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2617
ポリマ－37,9852
非ポリマー2765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.890, 110.620, 97.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1392-

CL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ESSB


分子量: 18992.742 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 241-397 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア)
株: NG80-2 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET27 (MODIFIED) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: A4IKE6

-
非ポリマー , 5種, 258分子

#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 3 M MALONATE PH7.0, 10 MM ZNCL2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.46 Å / Num. obs: 52114 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→94.782 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 11.965 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 2642 5.12 %
Rwork0.1862 --
obs0.188 52094 97.145 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 60.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.188 Å20 Å2-1.366 Å2
2---0.335 Å20 Å2
3----0.108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→94.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 35 246 5281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225276
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9847129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7685627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31125.967300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.875151039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6261532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.53099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13425045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84232177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1134.52084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 203 -
Rwork0.294 3649 -
obs--97.248 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86830.62571.11112.0739-0.16633.91960.0457-0.37980.23470.3156-0.20010.3431-0.1078-0.38670.15440.1663-0.11040.01140.1453-0.03870.186520.36240.241847.5808
22.02971.46341.52691.99680.87721.60250.0315-0.19070.28780.0194-0.14850.3763-0.0705-0.17930.1170.15890.0015-0.02010.1058-0.01790.18048.9498-6.908131.6068
37.5131-2.3876-1.37523.0778.961527.63150.34780.35330.2259-0.41110.1253-0.2617-1.09640.5665-0.47310.3048-0.121-0.00970.0872-0.06060.356111.6514-12.824710.9636
42.1613-0.2530.58671.0089-0.09551.4136-0.03420.146-0.0424-0.07560.0044-0.0640.10350.07630.02980.1590.0229-0.00160.0909-0.0060.1052.9648-46.591941.9279
54.4982-4.84680.080927.65045.50175.63520.24070.40251.3043-0.365-0.29731.3896-1.0365-1.03440.05670.23040.24430.18970.28460.27720.7827-19.5591-35.627535.6716
621.055711.5002-0.42380.4717-0.6504-2.0683-1.79863.46540.1054-0.39291.87670.4560.3219-0.1-0.07811.2391-0.2327-0.15420.62090.30460.7235-21.4969-59.645333.7993
72.57310.24930.31531.73010.05722.46810.04030.019-0.0150.00050.004-0.2069-0.02230.3018-0.04430.08980.0129-0.01560.11820.00690.085311.9689-27.4944-5.1558
82.1535-0.12372.85193.0129-3.72687.97230.05410.0499-0.4692-0.34960.084-0.3370.54830.1573-0.1380.12320.08530.02110.325-0.02940.215424.4762-28.971814.4468
94.1594-2.1281-6.99431.0654.7288.62780.4894-0.06890.8253-0.62770.52-0.1788-1.28050.4378-1.00940.6597-0.3568-0.52890.50270.08560.821124.209-8.684212.8525
102.3853-0.15361.05760.89350.1341.82250.02290.0571-0.028-0.0236-0.0139-0.09610.06110.0038-0.0090.16610.0005-0.02710.13490.00050.13487.652-28.799326.7726
119.6128-1.379-6.60850.9252-0.521221.75080.29-1.6131-0.03590.8411-0.09890.099-0.95050.8096-0.19110.8982-0.38430.01270.4349-0.10210.154922.1483-25.075247.0892
1225.741512.9058-19.39328.2276-14.307122.83820.12011.0849-0.84190.1749-0.5231-0.3621-0.58271.25540.4030.182-0.20170.11630.5993-0.12310.439234.9033-22.28526.2221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A242 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2A292 - 376
3X-RAY DIFFRACTION3A377 - 390
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 348
5X-RAY DIFFRACTION5B349 - 373
6X-RAY DIFFRACTION6B374 - 389
7X-RAY DIFFRACTION7C241 - 340
8X-RAY DIFFRACTION8C341 - 370
9X-RAY DIFFRACTION9C371 - 389
10X-RAY DIFFRACTION10D0 - 348
11X-RAY DIFFRACTION11D349 - 375
12X-RAY DIFFRACTION12D376 - 390

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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