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- PDB-3oc9: Crystal structure of putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oc9
タイトルCrystal structure of putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase from Entamoeba histolytica
要素UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / anaerobic parasitic protozoan / amoebic dysentery / amoebic liver abscess / cysts / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of uridine diphosphate N-acetylglucosamine pyrophosphorylase from Entamoeba histolytica.
著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Phan, I.Q. / Zhang, Y. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32015年5月20日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7593
ポリマ－46,6001
非ポリマー1582
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.520, 77.540, 86.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量: 46600.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_021200
参照: UniProt: C4M036, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PLASMID USED TO EXPRESS THE SEQUENCE WAS GENERATED FROM GENOMIC DNA. THE SEQUENCE WAS VERIFIED ...THE PLASMID USED TO EXPRESS THE SEQUENCE WAS GENERATED FROM GENOMIC DNA. THE SEQUENCE WAS VERIFIED IN BOTH THE FORWARD AND REVERSE DIRECTION, YET DIFFERS AT THESE TWO AMINO ACIDS FROM THE PREVIOUSLY PUBLISHED GENOMIC SEQUENCE IN UNP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 96.3 mg/mL of EnhiA.01126.b.A1 PS00631 3C cleaved against JCSG+ condition H9, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...詳細: 96.3 mg/mL of EnhiA.01126.b.A1 PS00631 3C cleaved against JCSG+ condition H9, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 216241h9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48592 / Num. obs: 48589 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 32.461 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 30.45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.5294.4324713573100
1.85-1.90.4155.8338763437100
1.9-1.950.3057.9329253350100
1.95-2.010.23610.2322073277100
2.01-2.080.17213.6312903176100
2.08-2.150.13816.8301513064100
2.15-2.230.10821.2291982971100
2.23-2.320.08825282142872100
2.32-2.430.07329.1270402743100
2.43-2.550.0633.5258912630100
2.55-2.680.05337.8244382498100
2.68-2.850.04643.4232392386100
2.85-3.040.0448.9215582226100
3.04-3.290.03555200942088100
3.29-3.60.03261.7184941950100
3.6-4.020.02967.6164761765100
4.02-4.650.02770.4142221565100
4.65-5.690.02471.8124501334100
5.69-8.050.02469.998451059100
8.050.0272.7532662599.5

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 59.43 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.15 Å
Translation3 Å46.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jv1 molecule A residues 68-407

1jv1


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.1865 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.8605 / SU B: 5.172 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.119 / SU Rfree: 0.1176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 2450 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.1909 48468 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.86 Å2 / Biso mean: 31.9097 Å2 / Biso min: 10.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 9 380 3588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9654634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6825.063160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15815614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.52051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29423347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94931354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3364.51267
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 202 -
Rwork0.283 3358 -
all-3560 -
obs--99.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 67.9234 Å / Origin y: 70.8686 Å / Origin z: 18.2509 Å
111213212223313233
T0.0354 Å20.0039 Å2-0.0253 Å2-0.0456 Å2-0.0047 Å2--0.0549 Å2
L0.2404 °2-0.2223 °20.1475 °2-0.3857 °2-0.0246 °2--0.1795 °2
S0.0055 Å °0.0011 Å °0.014 Å °-0.0004 Å °0.0258 Å °-0.0601 Å °0.0091 Å °-0.01 Å °-0.0313 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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