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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yge | ||||||
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Title | NADase from Aspergillus fumigatus | ||||||
![]() | AfNADase | ||||||
![]() | HYDROLASE / NAD+ glycohydrolase / NAD / Ca-binding / homodimer / glycoprotein | ||||||
Function / homology | Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / NAD+ glycohydrolase / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / ACETATE ION / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stromland, O. / Ziegler, M. / Kallio, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of fungal surface NADases predominantly present in pathogenic species. Authors: Stromland, O. / Kallio, J.P. / Pschibul, A. / Skoge, R.H. / Hardardottir, H.M. / Sverkeli, L.J. / Heinekamp, T. / Kniemeyer, O. / Migaud, M. / Makarov, M.V. / Gossmann, T.I. / Brakhage, A.A. / Ziegler, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 247.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 174.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 27680.092 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | |
-Non-polymers , 3 types, 480 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium acetate, 0.3 M CaCl2 and 20-25% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→86 Å / Num. obs: 75947 / % possible obs: 92.77 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 29.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05886 / Net I/σ(I): 16.49 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 7267 / CC1/2: 0.386 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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