+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yge | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | NADase from Aspergillus fumigatus | ||||||
Components | AfNADase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / NAD+ glycohydrolase / NAD / Ca-binding / homodimer / glycoprotein | ||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+ glycohydrolase / NADP+ nucleosidase activity / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aspergillus fumigatus Af293 (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Stromland, O. / Ziegler, M. / Kallio, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Discovery of fungal surface NADases predominantly present in pathogenic species. Authors: Stromland, O. / Kallio, J.P. / Pschibul, A. / Skoge, R.H. / Hardardottir, H.M. / Sverkeli, L.J. / Heinekamp, T. / Kniemeyer, O. / Migaud, M. / Makarov, M.V. / Gossmann, T.I. / Brakhage, A.A. / Ziegler, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yge.cif.gz | 247.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6yge.ent.gz | 174.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yge.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yge_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6yge_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6yge_validation.xml.gz | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6yge_validation.cif.gz | 34.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6yge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6yge | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 27680.092 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus fumigatus Af293 (mold) / Gene: AFUA_6G14470 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q4WL81 |
---|
-Sugars , 3 types, 6 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
---|---|---|---|
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | |
-Non-polymers , 3 types, 480 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.06 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium acetate, 0.3 M CaCl2 and 20-25% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→86 Å / Num. obs: 75947 / % possible obs: 92.77 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 29.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05886 / Net I/σ(I): 16.49 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 7267 / CC1/2: 0.386 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→86 Å / SU ML: 0.2178 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.4487
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|