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- PDB-2ym9: SipD from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ym9
タイトルSipD from Salmonella typhimurium
要素CELL INVASION PROTEIN SIPD
キーワードCELL INVASION / TYPE 3 SECRETION / T3SS / NEEDLE TIP PROTEIN / HOST PATHOGEN INTERACTION / BACTERIAL PATHOGENESIS / TIP COMPLEX
機能・相同性IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Cell invasion protein SipD
機能・相同性情報
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lunelli, M. / Kolbe, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Prgi-Sipd: Insight Into a Secretion Competent State of the Type Three Secretion System Needle Tip and its Interaction with Host Ligands
著者: Lunelli, M. / Hurwitz, R. / Lambers, J. / Kolbe, M.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL INVASION PROTEIN SIPD
B: CELL INVASION PROTEIN SIPD
C: CELL INVASION PROTEIN SIPD
D: CELL INVASION PROTEIN SIPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,1669
ポリマ－149,6944
非ポリマー4725
水68538
1
A: CELL INVASION PROTEIN SIPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7084
ポリマ－37,4231
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CELL INVASION PROTEIN SIPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6123
ポリマ－37,4231
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CELL INVASION PROTEIN SIPD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4231
ポリマ－37,4231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CELL INVASION PROTEIN SIPD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4231
ポリマ－37,4231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13360 Å2
ΔGint-100.5 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.370, 128.370, 350.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8031, 0.5905, 0.07963), (0.5937, 0.7817, 0.1906), (0.05032, 0.2004, -0.9784)102, -36.34, 38.77
2given(-0.8405, -0.5293, 0.1157), (-0.5408, 0.8322, -0.122), (-0.0317, -0.1651, -0.9858)47.84, 9.452, -19.63
3given(0.3757, -0.8858, -0.2724), (0.9127, 0.3028, 0.2743), (-0.1605, -0.3517, 0.9223)-12.16, -83.1, -53.15
4given(-0.09932, 0.9847, -0.143), (-0.9581, -0.1334, -0.2535), (-0.2687, 0.1118, 0.9567)95.19, -31.22, 58.53
5given(0.5982, 0.709, 0.3734), (0.7022, -0.6883, 0.182), (0.386, 0.1533, -0.9097)42.74, -131.8, 63.51
6given(-0.6505, 0.7547, 0.08588), (0.7518, 0.6236, 0.2144), (0.1082, 0.204, -0.973)106.7, -54.32, 36.99

-
要素

#1: タンパク質
CELL INVASION PROTEIN SIPD / SIPD / SALMONELLA INVASION PROTEIN D


分子量: 37423.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
株: SL1344 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56026
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES GSH AT THE N-TERMINUS REMAINING AFTER HIS-TAG CLEAVAGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PROTEIN WAS MIXED WITH SOLUTION CONTAINING 100 MM HEPES PH 7.5 AND 1.5 M LI2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-125 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 34082 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.86
反射 シェル解像度: 3→3.17 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.58 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.21精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J0N

2j0n


解像度: 3→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6309860.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1635 4.8 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 34082 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.2203 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.59 Å20 Å20 Å2
2--8.59 Å20 Å2
3----17.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7094 0 27 38 7159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.823
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.074.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.486
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 246 4.6 %
Rwork0.33 5087 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL_FULL.PARGOL_FULL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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