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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ylk
タイトルCarbohydrate-binding module CBM3b from the cellulosomal cellobiohydrolase 9A from Clostridium thermocellum
要素CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Endoglucanase-like / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain ...Bacterial Ig domain / Endoglucanase-like / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yaniv, O. / Petkun, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: A Single Mutation Reforms the Binding Activity of an Adhesion-Deficient Family 3 Carbohydrate-Binding Module
著者: Yaniv, O. / Petkun, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22012年7月11日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
B: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
C: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
D: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2454
ポリマ－66,2454
非ポリマー00
水5,188288
1
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5611
ポリマ－16,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5611
ポリマ－16,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5611
ポリマ－16,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5611
ポリマ－16,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.456, 95.456, 82.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量: 16561.348 Da / 分子数: 4
断片: FAMILY 3B CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 1004-1147
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q59325, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 20%(V/V) PEG 3350 0.2 M DIAMMONIUM HYDROGEN CITRATE., pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37875 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.97 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WNX

2wnx


解像度: 2.2→42.689 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1870 5 %
Rwork0.1727 --
obs0.1753 37377 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.365 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7397 Å20 Å20 Å2
2--0.7397 Å20 Å2
3----1.4793 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 0 288 4940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2286458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8961736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25950.33171400.26512755X-RAY DIFFRACTION100
2.2595-2.3260.31921380.24542754X-RAY DIFFRACTION100
2.326-2.4010.28151520.23372745X-RAY DIFFRACTION100
2.401-2.48680.33941430.22892753X-RAY DIFFRACTION100
2.4868-2.58640.27511420.21782765X-RAY DIFFRACTION100
2.5864-2.70410.28231580.20122729X-RAY DIFFRACTION100
2.7041-2.84660.25331380.18452764X-RAY DIFFRACTION100
2.8466-3.02490.23591590.17982726X-RAY DIFFRACTION100
3.0249-3.25840.21841550.15972718X-RAY DIFFRACTION99
3.2584-3.58620.20051500.15092758X-RAY DIFFRACTION99
3.5862-4.10470.19791400.14392692X-RAY DIFFRACTION97
4.1047-5.17010.15011250.12142684X-RAY DIFFRACTION96
5.1701-42.69720.2131300.18352664X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74851.318-0.92511.6401-0.05245.90980.14390.0135-0.02330.28750.13580.26120.1445-0.4213-0.16640.17030.0513-0.00420.13960.03820.1738-13.10177.1781-11.74
22.71620.3449-1.39182.49481.34751.7286-0.06360.37530.0229-0.38080.14640.1686-0.2842-0.0275-0.07640.18760.0065-0.01750.20670.01110.1753-9.122416.3134-24.086
32.14990.1126-1.42612.2812-1.7745.58170.25740.13490.14360.4010.23240.3798-0.824-0.4858-0.39260.15950.04450.00080.24790.01920.2782-19.755217.9218-10.4536
42.4637-0.0188-1.10381.4091-0.6991.79940.0611-0.5932-0.0860.3750.0217-0.0946-0.43330.33370.00130.2148-0.01190.01760.28080.01050.1414-8.673819.9063-9.3793
51.3756-0.3179-1.22431.1559-0.19133.57880.2541-0.08880.15610.03470.00490.1035-0.50880.0979-0.13840.17510.03290.04790.17270.00910.2237-12.855118.2018-14.4862
60.8547-0.229-0.14181.86150.13772.76580.01010.09840.12650.05020.04010.15880.472-0.2741-0.040.14050.0044-0.01360.16020.04610.2315-17.43696.1163-9.9653
75.0715-0.37410.33795.48820.98464.6353-0.00380.58840.17050.07050.07530.2889-0.795-0.4469-0.02090.24040.09830.01030.2905-0.01340.1865-21.341516.8321-23.2008
81.23690.35561.21481.9471.11333.7865-0.04720.0425-0.07610.0790.0992-0.1631-0.260.3670.04880.13830.02060.03560.20160.03170.1891-34.543240.9156-7.8137
93.74881.04931.36471.51790.04972.4122-0.0060.3561-0.2529-0.4140.1611-0.12460.12490.3372-0.20080.31590.03050.120.2638-0.01020.3042-31.419929.5545-18.8328
102.32350.6113-0.25761.9969-1.01789.48030.09130.1961-0.84660.9844-0.0188-1.26460.28111.26880.05520.22130.03110.01980.38710.05240.3964-21.486736.57724.6121
111.3535-0.18810.72331.63610.50862.08980.0117-0.2049-0.16790.0215-0.1111-0.09870.17630.16620.07030.14020.05570.04950.24540.04630.2534-33.367330.9984-7.0343
121.33350.2033-0.30331.7262-0.0393.138-0.02370.1168-0.1710.0079-0.06-0.1689-0.33690.51520.05120.1610.02290.03030.20090.04020.24-29.51944.5817-4.2504
133.8192-1.3659-0.86215.79320.01733.7181-0.0559-0.1451-0.2633-0.49250.0576-0.41920.18330.3742-0.04880.28250.07280.05620.25970.04840.2123-23.898234.8095-17.6198
142.5514-0.01360.42280.42561.02454.9211-0.1019-0.0605-0.0787-0.0959-0.114-0.097-0.2642-0.26820.2050.2253-0.01210.02130.17530.02220.2539-52.051733.198812.3248
152.0768-0.3140.16971.00810.90951.4082-0.0347-0.2026-0.23030.24720.03890.04950.43310.00570.01660.28630.030.02120.21930.07210.2302-43.568426.366322.5209
162.36140.10680.83352.28810.22283.0194-0.21180.5336-0.0755-0.14160.31510.05660.23090.39110.01540.2221-0.03510.01650.2170.06590.1924-44.406124.91297.2289
171.718-0.57932.40541.14340.24654.33260.12390.0239-0.22390.1139-0.04630.07490.49270.2108-0.02320.2758-0.01630.04510.22960.01680.2496-44.054325.400515.2085
181.19060.28020.53380.926-0.24841.92320.0674-0.13090.03640.0613-0.10980.09330.0782-0.4727-0.00050.20750.01410.05470.25310.03270.2395-55.894230.841910.6461
194.7935-0.09270.50484.0449-0.084.8303-0.0717-0.4048-1.0487-0.3739-0.0266-0.08210.8935-0.0763-0.03660.413-0.0550.04860.30420.11810.3419-50.960720.528723.8053
202.49780.08190.02921.0202-1.32992.59030.0186-0.42740.13590.2914-0.03790.0677-0.11270.11770.06440.3093-0.06040.00590.235-0.05640.20442.595618.470312.5313
217.5955-0.47530.32736.4978-0.88378.05330.09251.05790.1211-0.6868-0.6605-0.3946-1.46671.11040.48260.376-0.008-0.03060.3583-0.00670.286711.064926.0869-4.4561
221.5460.3385-1.85841.6434-0.39622.8519-0.0881-0.0277-0.0610.01530.02820.02-0.1899-0.16170.06460.2831-0.04740.00880.2773-0.03940.235-1.897922.86058.5901
231.42940.1289-0.27270.5003-0.39243.27620.1152-0.22650.13910.1403-0.0955-0.0929-0.23290.3005-0.0170.2527-0.0528-0.0010.2572-0.06480.24348.566119.33948.4059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN C AND (RESSEQ 1:17)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESSEQ 18:33)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 34:50)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND (RESSEQ 51:70)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESSEQ 71:102)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESSEQ 103:127)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 128:145)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 1:26)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 27:42)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 43:50)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESSEQ 51:102)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN A AND (RESSEQ 103:127)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESSEQ 128:145)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 1:17)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 18:42)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESSEQ 43:70)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESSEQ 71:102)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESSEQ 103:127)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND (RESSEQ 128:145)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 1:42)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 43:50)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 51:95)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 96:145)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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