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Yorodumi- PDB-2ylk: Carbohydrate-binding module CBM3b from the cellulosomal cellobioh... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ylk | ||||||
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Title | Carbohydrate-binding module CBM3b from the cellulosomal cellobiohydrolase 9A from Clostridium thermocellum | ||||||
Components | CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CELLULOSE BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds / cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Yaniv, O. / Petkun, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: A Single Mutation Reforms the Binding Activity of an Adhesion-Deficient Family 3 Carbohydrate-Binding Module Authors: Yaniv, O. / Petkun, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ylk.cif.gz | 247 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ylk.ent.gz | 201.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ylk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2ylk_validation.pdf.gz | 446.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2ylk_full_validation.pdf.gz | 452.9 KB | Display | |
Data in XML | 2ylk_validation.xml.gz | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2ylk_validation.cif.gz | 35.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/2ylk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/2ylk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3zqxC 2wnxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16561.348 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: FAMILY 3B CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 1004-1147 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): RIL References: UniProt: Q59325, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 20%(V/V) PEG 3350 0.2 M DIAMMONIUM HYDROGEN CITRATE., pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2010 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 37875 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.97 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WNX Resolution: 2.2→42.689 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.365 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.1 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→42.689 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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